RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 NARFQ9UHQ1 456 aa21.77■■□□□ 1.08
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CLN3-246ENST00000636228 VSIG10Q8N0Z9 540 aa21.76■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP21.76■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 COL15A1P39059 1388 aa21.75■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 TTC5Q8N0Z6 440 aa21.75■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 GNAT3A8MTJ3 354 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 TEFQ10587 303 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF496Q96IT1 587 aaPredicted RBP21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 PHACTR3Q96KR7 559 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 NMRK2Q9NPI5 230 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa21.74■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 BICDL1Q6ZP65 573 aa21.73■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 GAS2L2Q8NHY3 880 aa21.73■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 SERPINB2P05120 415 aa21.72■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 STARD3NLO95772 234 aa21.71■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF790Q6PG37 636 aa21.71■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 CEP350Q5VT06 3117 aa21.71■■□□□ 1.07
CLN3-246ENST00000636228 KCNQ3O43525 872 aa21.7■■□□□ 1.06
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CLN3-246ENST00000636228 TBC1D2BQ9UPU7 963 aa21.68■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 HEG1Q9ULI3 1381 aa21.68■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 TOMM70O94826 608 aa21.67■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 A1BGP04217 495 aa21.67■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 RASSF7Q02833 373 aa21.67■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 TBC1D9BQ66K14 1250 aa21.67■■□□□ 1.06
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CLN3-246ENST00000636228 CARMIL3Q8ND23 1372 aa21.66■■□□□ 1.06
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CLN3-246ENST00000636228 A0A087WZG4 1122 aa21.65■■□□□ 1.06
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CLN3-246ENST00000636228 PPP2R1AP30153 589 aa21.65■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 FMNL2Q96PY5 1086 aa21.65■■□□□ 1.06
CLN3-246ENST00000636228 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP21.64■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP21.64■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 TEX13AQ9BXU3 409 aaPredicted RBP21.64■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 CEMIPQ8WUJ3 1361 aa21.63■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP21.63■■□□□ 1.05
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CLN3-246ENST00000636228 TTLL6Q8N841 843 aa21.63■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 RRAGCQ9HB90 399 aa21.63■■□□□ 1.05
CLN3-246ENST00000636228 NUDCQ9Y266 331 aa21.63■■□□□ 1.05
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CLN3-246ENST00000636228 H0YIN7 160 aa21.62■■□□□ 1.05
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CLN3-246ENST00000636228 USP16Q9Y5T5 823 aa21.62■■□□□ 1.05
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CLN3-246ENST00000636228 C21orf2O43822 256 aa21.55■■□□□ 1.04
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CLN3-246ENST00000636228 MIS18AQ9NYP9 233 aa21.55■■□□□ 1.04
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CLN3-246ENST00000636228 NPHP1O15259 732 aa21.54■■□□□ 1.04
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CLN3-246ENST00000636228 ST5P78524 1137 aa21.49■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP21.49■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 SCN7AQ01118 1682 aa21.49■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 SBF1O95248 1867 aa21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 FAM177BA6PVY3 158 aa21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP21.48■■□□□ 1.03
CLN3-246ENST00000636228 SRGNP10124 158 aa21.47■■□□□ 1.03
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