RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF20	Q5VTR2	975 aa		7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC116	Q8IYX3	515 aa		7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	ATP13A2	Q9NQ11	1180 aa		7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	KDM5C	P41229	1560 aa		7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	7.03	□□□□□ -1.28
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ERVH48-1	M5A8F1	160 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PPP1R26	Q5T8A7	1209 aa	Predicted RBP	7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ZSCAN1	Q8NBB4	408 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	GLMN	Q92990	594 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CALR3	Q96L12	384 aa	Known RBP	7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	TRIM47	Q96LD4	638 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		7.02	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC125	Q86Z20	511 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF135	Q8IUD6	432 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	MIA2	Q96PC5	1412 aa		7.01	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	A2M	P01023	1474 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	MBD5	Q9P267	1494 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CAPN5	O15484	640 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	TMPRSS4	Q9NRS4	437 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PCDHB11	Q9Y5F2	797 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	C3	P01024	1663 aa		7	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	GMPR	P36959	345 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PHTF2	Q8N3S3	785 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ITPKC	Q96DU7	683 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ZFAND3	Q9H8U3	227 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		6.99	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CEP152	O94986	1710 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PTPRM	P28827	1452 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	PIK3CD	O00329	1044 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	SKI	P12755	728 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	TIMP2	P16035	220 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	TRIM52	Q96A61	297 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		6.98	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ABCC5	O15440	1437 aa		6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	DAPK1	P53355	1430 aa		6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	SENP2	Q9HC62	589 aa		6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	CYLD	Q9NQC7	956 aa		6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	DOLK	Q9UPQ8	538 aa		6.97	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		6.96	□□□□□ -1.29
ATXN3-238	ENST00000556288	HSPA2	P54652	639 aa		6.96	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	MAP7D1	Q3KQU3	841 aa		6.96	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	PLPP7	Q8NBV4	271 aa		6.96	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	CBLB	Q13191	982 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	OXLD1	Q5BKU9	147 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	UCN2	Q96RP3	112 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	AGL	P35573	1532 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	RERE	Q9P2R6	1566 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	ZMYM3	Q14202	1370 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	KIF15	Q9NS87	1388 aa		6.95	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	MROH2A	A6NES4	1674 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	ATP9B	O43861	1147 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	LILRA1	O75019	489 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	SCTR	P47872	440 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	USP4	Q13107	963 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	KANK1	Q14678	1352 aa		6.94	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	ERVK-9	P63128	1117 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288		Q6ZVU0	165 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	DEPDC4	Q8N2C3	294 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	KIFC2	Q96AC6	838 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	SIRT1	Q96EB6	747 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	PLXNC1	O60486	1568 aa		6.93	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	USP17L5	A8MUK1	530 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	UPP2	O95045	317 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	EML3	Q32P44	896 aa		6.92	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC97	Q96F63	343 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
ATXN3-238	ENST00000556288	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		6.92	□□□□□ -1.3

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