RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 RSPH6AQ9H0K4 717 aa28.16■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 POLRMTO00411 1230 aaKnown RBP28.15■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 NARFQ9UHQ1 456 aa28.15■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 NUDCQ9Y266 331 aa28.15■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 PPP2R1AP30153 589 aa28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 USPL1Q5W0Q7 1092 aa28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF790Q6PG37 636 aa28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 GPBP1L1Q9HC44 474 aaPredicted RBP28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 BCS1LQ9Y276 419 aa28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 HEG1Q9ULI3 1381 aa28.13■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 KCNA3P22001 575 aa28.13■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 PRKAR2BP31323 418 aa28.13■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa28.12■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 STARD3NLO95772 234 aa28.12■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 AFDNP55196 1824 aaKnown RBP28.11■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 PHACTR3Q96KR7 559 aa28.11■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 TEX13AQ9BXU3 409 aaPredicted RBP28.11■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF496Q96IT1 587 aaPredicted RBP28.1■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 SCN7AQ01118 1682 aa28.1■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 FCHSD2O94868 740 aa28.09■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 PIM2Q9P1W9 311 aa28.09■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 EIF5P55010 431 aaKnown RBP28.08■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 BCL2L12Q9HB09 334 aa28.08■■■□□ 2.09
LIMS1-208ENST00000428064 NFIXQ14938 502 aa28.07■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 FMNL2Q96PY5 1086 aa28.07■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 DLEC1Q9Y238 1755 aa28.06■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 A0A087WZG4 1122 aa28.06■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 CANXP27824 592 aaKnown RBP28.06■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP28.05■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP28.05■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP28.04■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP27Q6ZUM4 889 aa28.04■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 BTBD11A6QL63 1104 aa28.03■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 IL6STP40189 918 aaPredicted RBP28.03■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF526Q8TF50 670 aaPredicted RBP28.02■■■□□ 2.08
LIMS1-208ENST00000428064 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP28.01■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 SERPINB2P05120 415 aa28■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 CHRNA5P30532 468 aa28■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP28■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 BCORQ6W2J9 1755 aa27.99■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 KIF3CO14782 793 aa27.97■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 CEP350Q5VT06 3117 aa27.97■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 KCNQ3O43525 872 aa27.96■■■□□ 2.07
LIMS1-208ENST00000428064 MCM10Q7L590 875 aa27.95■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 A1BGP04217 495 aa27.94■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 CARMIL3Q8ND23 1372 aa27.94■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 SBF1O95248 1867 aa27.93■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 ANKRD31Q8N7Z5 1873 aa27.93■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 C9orf131Q5VYM1 1079 aa27.93■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D9BQ66K14 1250 aa27.93■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 SNRPA1P09661 255 aaKnown RBP27.92■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa27.92■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 DLG5Q8TDM6 1919 aa27.92■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP27.91■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D2BQ9UPU7 963 aa27.91■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 USP16Q9Y5T5 823 aa27.91■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 LAMB4A4D0S4 1761 aa27.91■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 CAMTA2O94983 1202 aa27.9■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 BICDL1Q6ZP65 573 aa27.9■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP27.9■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 KDM3BQ7LBC6 1761 aa27.89■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 NEFMP07197 916 aa27.89■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 HSPA6P17066 643 aa27.89■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 TTLL6Q8N841 843 aa27.89■■■□□ 2.06
LIMS1-208ENST00000428064 H0YIN7 160 aa27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 COL11A2P13942 1736 aaPredicted RBP27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 DCTN1Q14203 1278 aa27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 C2CD5Q86YS7 1000 aa27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 BRIP1Q9BX63 1249 aa27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP27.88■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 RGL2O15211 777 aa27.87■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP27.87■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 DZIP3Q86Y13 1208 aaKnown RBP27.87■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHF1Q96S99 279 aa27.87■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 RNF181Q9P0P0 153 aa27.87■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa27.86■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PRR5LQ6MZQ0 368 aa27.86■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 TNRC6CQ9HCJ0 1690 aaKnown RBP27.86■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 TOMM70O94826 608 aa27.85■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PDE6BP35913 854 aa27.85■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 CLEC4GQ6UXB4 293 aa27.85■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 SETDB2Q96T68 719 aa27.85■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP27.84■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP27.83■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 NMRK2Q9NPI5 230 aa27.83■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 KDM2BQ8NHM5 1336 aa27.83■■■□□ 2.05
LIMS1-208ENST00000428064 CNBD1Q8NA66 436 aa27.82■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF652Q9Y2D9 606 aa27.82■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 ARFGEF2Q9Y6D5 1785 aa27.81■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 NFE2L2Q16236 605 aa27.81■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 LMNB1P20700 586 aa27.8■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 RASSF7Q02833 373 aa27.8■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 TIAM2Q8IVF5 1701 aa27.8■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF26B4DH59 902 aa27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 ST5P78524 1137 aa27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 RALBP1Q15311 655 aa27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF15Q8N660 670 aa27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-208ENST00000428064 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa27.78■■■□□ 2.04
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