RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409251.7

PTPRN-202, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,622 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-202ENST00000409251 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa15.66■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ZBTB9Q96C00 473 aa15.66■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP15.66■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 IL16Q14005 1332 aa15.66■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 LRSAM1Q6UWE0 723 aa15.66■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 SBNO1A3KN83 1393 aa15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 SMAP1Q8IYB5 467 aaPredicted RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 PHAXQ9H814 394 aaKnown RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 MED14O60244 1454 aa15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ARHGAP23Q9P227 1491 aa15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 GADD45BO75293 160 aaPredicted RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP15.65■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 CHL1O00533 1208 aa15.64■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF853P0CG23 659 aa15.64■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ATP2B3Q16720 1220 aa15.64■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP15.64■□□□□ 0.1
PTPRN-202ENST00000409251 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP15.64■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ADCY5O95622 1261 aa15.64■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 KIF20BQ96Q89 1820 aa15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 GSPT1P15170 499 aaKnown RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 V9GYY5 206 aaPredicted RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 MAP4K4O95819 1239 aaPredicted RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF445P59923 1031 aa15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 C1orf141Q5JVX7 400 aa15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 MTERF4Q7Z6M4 381 aaKnown RBP15.63■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ALDH1L2Q3SY69 923 aa15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 IP6K1Q92551 441 aa15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 SLIT1O75093 1534 aa15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF500O60304 480 aaPredicted RBP15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 USP32Q8NFA0 1604 aa15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 FBXW7Q969H0 707 aa15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP15.62■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 DDIT3P35638 169 aa15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 PDE4CQ08493 712 aa15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 C16orf45Q96MC5 204 aaPredicted RBP15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 IGSF1Q8N6C5 1336 aa15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 CHMP4AQ9BY43 222 aa15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa15.61■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 KAT6BQ8WYB5 2073 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 BTBD11A6QL63 1104 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 FGD1P98174 961 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 GIMAP6Q6P9H5 292 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 API5Q9BZZ5 524 aaKnown RBP15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 PTCH1Q13635 1447 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 SDSP20132 328 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 SIRT2Q8IXJ6 389 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 MYL6BP14649 208 aa15.6■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa15.59■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 CAMK4Q16566 473 aa15.59■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 GCC1Q96CN9 775 aa15.59■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 BCL2L12Q9HB09 334 aa15.59■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 KCNH5Q8NCM2 988 aa15.58■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 TMX3Q96JJ7 454 aa15.58■□□□□ 0.09
PTPRN-202ENST00000409251 ZSCAN20P17040 1043 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 USP31Q70CQ4 1352 aa15.58■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 NAA30Q147X3 362 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 FLIIQ13045 1269 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PRDM11Q9NQV5 511 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 CHPF2Q9P2E5 772 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 DMTNQ08495 405 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ITSN1Q15811 1721 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 VPS37CA5D8V6 355 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ARHGEF25Q86VW2 580 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PLEKHM2Q8IWE5 1019 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ZDHHC9Q9Y397 364 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 SSH2Q76I76 1423 aa15.57■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 REC8O95072 547 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 MBD3O95983 291 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 MYRIPQ8NFW9 859 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 USP48Q86UV5 1035 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 USP26Q9BXU7 913 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 RIOK3O14730 519 aaKnown RBP15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 CNPY2Q9Y2B0 182 aa15.56■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 MSH6P52701 1360 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF710Q8N1W2 664 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 HMGN5P82970 282 aaKnown RBP15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 FERMT3Q86UX7 667 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 IL1RAPL2Q9NP60 686 aa15.55■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ADGRB2O60241 1585 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 KCNJ4P48050 445 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PROSER3Q2NL68 480 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PEAK1Q9H792 1746 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 CCDC30Q5VVM6 783 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PDLIM2Q96JY6 352 aa15.54■□□□□ 0.08
PTPRN-202ENST00000409251 PI4KAP2A4QPH2 592 aa15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.3 ms