RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491592.1

RTN4-215, Transcript of reticulon 4, human

TSL 2

Gene RTN4, Length 860 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RTN4-215	ENST00000491592	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	MTSS1L	Q765P7	747 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	BIVM	Q86UB2	503 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PM20D2	Q8IYS1	436 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ARHGAP18	Q8N392	663 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF565	Q8N9K5	539 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CCNY	Q8ND76	341 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	OR52E1	Q8NGJ3	308 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	DNASE1L2	Q92874	299 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	REPS1	Q96D71	796 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	MS4A14	Q96JA4	679 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF570	Q96NI8	536 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PSKH2	Q96QS6	385 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SNX18	Q96RF0	628 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PAFAH2	Q99487	392 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF416	Q9BWM5	594 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	VCX2	Q9H322	139 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SEMA4G	Q9NTN9	838 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TXLNG	Q9NUQ3	528 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PANK4	Q9NVE7	773 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KLHL28	Q9NXS3	571 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	WWOX	Q9NZC7	414 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SPG21	Q9NZD8	308 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KLHL8	Q9P2G9	620 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	MGAT4C	Q9UBM8	478 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	FBXL17	Q9UF56	701 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KCNN3	Q9UGI6	736 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZNHIT2	Q9UHR6	403 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TEX13C	A0A0J9YWL9	993 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592		A0A0U1RQS6	177 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	GXYLT2	A0PJZ3	443 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ELOVL7	A1L3X0	281 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	GSAP	A4D1B5	854 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592		H7C1Q1	480 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ADAMDEC1	O15204	470 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TTI1	O43156	1089 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ATP2C2	O75185	946 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SMIM24	O75264	130 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CRCP	O75575	148 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	C1QL1	O75973	258 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KRT36	O76013	467 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SLCO2B1	O94956	709 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	OR6B1	O95007	311 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	OAS1	P00973	400 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CSTA	P01040	98 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	LINGO3	P0C6S8	592 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ERVK-10	P10266	1014 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CCNB1	P14635	433 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CHN1	P15882	459 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ACADS	P16219	412 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ATP6V1C1	P21283	382 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PTPN6	P29350	595 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ALDH3A1	P30838	453 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PNPLA4	P41247	253 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	GSTM5	P46439	218 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KLK7	P49862	253 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	RASSF2	P50749	326 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	OAZ1	P54368	228 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	MTTP	P55157	894 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ARPC4	P59998	168 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	MRPS25	P82663	173 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CSTF3	Q12996	717 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	SNTB2	Q13425	540 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	BFSP2	Q13515	415 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	CUL3	Q13618	768 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	DECR1	Q16698	335 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	GSTA3	Q16772	222 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	IFI44L	Q53G44	452 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	WASHC2D	Q5SRD0	308 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ARMC12	Q5T9G4	340 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	HHAT	Q5VTY9	493 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	FAM91A1	Q658Y4	838 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	PMF1	Q6P1K2	205 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TRMT10C	Q7L0Y3	403 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ASRGL1	Q7L266	308 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	EFL1	Q7Z2Z2	1120 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	BCDIN3D	Q7Z5W3	292 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF410	Q86VK4	478 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	VPS36	Q86VN1	386 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TPRA1	Q86W33	373 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	LRRC34	Q8IZ02	419 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	BLID	Q8IZY5	108 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	BOLL	Q8N9W6	283 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	TERB1	Q8NA31	727 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	OR2T34	Q8NGX1	318 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RTN4-215	ENST00000491592	LRRC8C	Q8TDW0	803 aa		4.62	□□□□□ -1.67

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