RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 CENPTQ96BT3 561 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ZIC5Q96T25 663 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 NDNQ99608 321 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM2Q9C040 744 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 KCNF1Q9H3M0 494 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 VPS29Q9UBQ0 182 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SIX4Q9UIU6 781 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SHANK3Q9BYB0 1731 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TTC34A8MYJ7 566 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 B4GALT2O60909 372 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PSIP1O75475 530 aaKnown RBP7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CLDN7O95471 211 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 GNALP38405 381 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PEX19P40855 299 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 EXT1Q16394 746 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF730Q6ZMV8 503 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C1orf210Q8IVY1 113 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 UTP15Q8TED0 518 aaKnown RBP7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 OR8D2Q9GZM6 311 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TWSG1Q9GZX9 223 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ELL3Q9HB65 397 aaPredicted RBP7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PTPRHQ9HD43 1115 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ZCCHC3Q9NUD5 404 aaKnown RBP7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 FETUBQ9UGM5 382 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 IFT52Q9Y366 437 aa7.83□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 LOC100653049A0A140TA62 436 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C1orf226A1L170 272 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C2orf78A6NCI8 922 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 NPIPA2E9PIF3 369 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 NPIPA3F8WFD2 350 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 DLL1O00548 723 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PRAMEF12O95522 483 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 HMGN1P05114 100 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 HLA-DQB2P05538 268 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SRCP12931 536 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ACVRL1P37023 503 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CLCN2P51788 898 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 NCBP2P52298 156 aaKnown RBP eCLIP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 QPCTQ16769 361 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 FAM182AQ5T1J6 154 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 LIPJQ5W064 366 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 RIPOR1Q6ZS17 1223 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ADCK1Q86TW2 530 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ZDHHC13Q8IUH4 622 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 OR2W6PQ8NHA6 318 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 GAB3Q8WWW8 586 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PRMT1Q99873 361 aaKnown RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 DHRS4Q9BTZ2 278 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 RASSF1Q9NS23 344 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CDC14CA4D256 554 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PPM1BO75688 479 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SAGP10523 405 aaPredicted RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 F3P13726 295 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ALOX12P18054 663 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TAS2R40P59535 323 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CYP4F3Q08477 520 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ABHD18Q0P651 414 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TYW3Q6IPR3 259 aaKnown RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 GALNT12Q8IXK2 581 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TOR1AIP2Q8NFQ8 470 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CYGBQ8WWM9 190 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 RFKQ969G6 155 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 IGSF8Q969P0 613 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MUCL1Q96DR8 90 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 DPH2Q9BQC3 489 aaPredicted RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 RHOBTB2Q9BYZ6 727 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ANKZF1Q9H8Y5 726 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 POLE4Q9NR33 117 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 WASH4PA8MWX3 477 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 LSM1O15116 133 aaKnown RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CHST10O43529 356 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MPZL2O60487 215 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SH3BGRLO75368 114 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 RGS20O76081 388 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 SSTR1P30872 391 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 IL17AQ16552 155 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM201Q5SNT2 666 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 FRG2Q64ET8 278 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MZT2AQ6P582 158 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TMPRSS11AQ6ZMR5 421 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 THOC6Q86W42 341 aaKnown RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 ST13P5Q8NFI4 369 aaPredicted RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 FRG2BQ96QU4 278 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 WASH6PQ9NQA3 447 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C17orf113A0A1B0GUU1 675 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PRKCGP05129 697 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MPLP40238 635 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 P2RY2P41231 377 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CLCQ05315 142 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 MGAT3Q09327 533 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 PWP1Q13610 501 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C6orf15Q6UXA7 325 aaPredicted RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 NOCTQ9UK39 431 aaKnown RBP7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM98Q9Y2Y6 226 aa7.82□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 A0A1W2PRB8 838 aa7.81□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 C2P06681 752 aa7.81□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 UNGP13051 313 aaPredicted RBP7.81□□□□□ -1.16
PTPRB-209ENST00000550857 CBX5P45973 191 aa7.81□□□□□ -1.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 77.2 ms