RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ATP13A5	Q4VNC0	1218 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	NEPRO	Q6NW34	567 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	CEACAM20	Q6UY09	585 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	ZNF534	Q76KX8	674 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	TMEM135	Q86UB9	458 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	SERPINA9	Q86WD7	417 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	MPP5	Q8N3R9	675 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	BMPER	Q8N8U9	685 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	EIF1AD	Q8N9N8	165 aa	Known RBP	8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	TEX19	Q8NA77	164 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	APOBEC4	Q8WW27	367 aa	Known RBP	8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	STARD8	Q92502	1023 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	SEC14L1	Q92503	715 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	NCSTN	Q92542	709 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	MFSD3	Q96ES6	412 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	ZNF514	Q96K75	400 aa	Predicted RBP	8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	PWWP2A	Q96N64	755 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	VPS35	Q96QK1	796 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	TCF12	Q99081	682 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	AGAP2	Q99490	1192 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	SLC38A3	Q99624	504 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	CCDC77	Q9BR77	488 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	TEX101	Q9BY14	249 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	CCDC68	Q9H2F9	335 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	RMI1	Q9H9A7	625 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	VPS37B	Q9H9H4	285 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	NSMCE4A	Q9NXX6	385 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	NFKBIL1	Q9UBC1	381 aa	Predicted RBP	8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	TMEM98	Q9Y2Y6	226 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD12	Q6UB98	2062 aa		8.53	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	UNC79	Q9P2D8	2635 aa		8.52	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520	SEC16A	O15027	2179 aa		8.52	□□□□□ -1.04
USP4-213	ENST00000488520		B4E171	279 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GPR89A	B7ZAQ6	455 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	QSOX1	O00391	747 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	CCL22	O00626	93 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	KMO	O15229	486 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	BANF1	O75531	89 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SPAG6	O75602	509 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	STK17B	O94768	372 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	AGFG2	O95081	481 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	EML2	O95834	649 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	OR56A5	P0C7T3	313 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GPR89B	P0CG08	455 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ATP1B2	P14415	290 aa	Predicted RBP	8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	F8A1	P23610	371 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN7	P41732	249 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	MAGEA3	P43357	314 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SERPINB4	P48594	390 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	XIAP	P98170	497 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	MC2R	Q01718	297 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ABHD18	Q0P651	414 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ERV3-1	Q14264	604 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SETDB1	Q15047	1291 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ERCC6L	Q2NKX8	1250 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	NKAPL	Q5M9Q1	402 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	RNF187	Q5TA31	235 aa	Predicted RBP	8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0930	Q6ICG6	404 aa	Predicted RBP	8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TMEM220	Q6QAJ8	160 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC24	Q6UX98	284 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TRIM74	Q86UV6	250 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	KCNMB4	Q86W47	210 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GALNT13	Q8IUC8	556 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	OR10G6	Q8NH81	332 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GSDMB	Q8TAX9	411 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SLC37A2	Q8TED4	501 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SGSM3	Q96HU1	749 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ZNF778	Q96MU6	729 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	DPYSL5	Q9BPU6	564 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	FAM167B	Q9BTA0	163 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SPRY4	Q9C004	299 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	OR2AG1	Q9H205	316 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	IARS2	Q9NSE4	1012 aa	Known RBP	8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TREX1	Q9NSU2	369 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHB1	Q9UF11	243 aa	Predicted RBP	8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TEX264	Q9Y6I9	313 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	IKBKG	Q9Y6K9	419 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	DOCK10	Q96BY6	2186 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	FER1L5	A0AVI2	2057 aa		8.52	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	UBA6	A0AVT1	1052 aa	Predicted RBP	8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	OR51F1	A6NGY5	319 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	FADS2P1	A8MWK0	482 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520		E7ESA3	106 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GRID2	O43424	1007 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ13	O60928	360 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	KATNA1	O75449	491 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ERLIN1	O75477	346 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF21	O75509	655 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	IVL	P07476	585 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	GNLY	P22749	145 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ACRV1	P26436	265 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	STX2	P32856	288 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	DLST	P36957	453 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	NSG1	P42857	185 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	MC1R	Q01726	317 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ACVR1	Q04771	509 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	MGAT5	Q09328	741 aa		8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	ILF2	Q12905	390 aa	Known RBP	8.51	□□□□□ -1.05
USP4-213	ENST00000488520	SQSTM1	Q13501	440 aa		8.51	□□□□□ -1.05

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