RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497977.1

PTPRN-218, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 3

Gene PTPRN, Length 701 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-218	ENST00000497977	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	ZBTB7A	O95365	584 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	STARD3NL	O95772	234 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	SSFA2	P28290	1259 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	KCNQ4	P56696	695 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRN-218	ENST00000497977	BTBD11	A6QL63	1104 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ADRA2B	P18089	450 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	MAP3K5	Q99683	1374 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	RFC4	P35249	363 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ZNF827	Q17R98	1081 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ARX	Q96QS3	562 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	GNPAT	O15228	680 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	RPS6KA4	O75676	772 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	NFE2L2	Q16236	605 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ZNF790	Q6PG37	636 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	NHS	Q6T4R5	1651 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	RUNDC1	Q96C34	613 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	RIPK4	P57078	832 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	ITPK1	Q13572	414 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRN-218	ENST00000497977	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977		A0A087WZG4	1122 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	PHF14	O94880	888 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	SLC39A6	Q13433	755 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	ZPR1	O75312	459 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	MCM10	Q7L590	875 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	PTGER2	P43116	358 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	NEUROD2	Q15784	382 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	SYT17	Q9BSW7	474 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	MRS2	Q9HD23	443 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRN-218	ENST00000497977	SBF2	Q86WG5	1849 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	DCTN1	Q14203	1278 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	KLHL34	Q8N239	644 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	RREB1	Q92766	1687 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	BTAF1	O14981	1849 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	CCDC184	Q52MB2	194 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	NARF	Q9UHQ1	456 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	MSL1	Q68DK7	614 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	MIER1	Q8N108	512 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	NGEF	Q8N5V2	710 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	MMP10	P09238	476 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	GPR162	Q16538	588 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	APAF1	O14727	1248 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	GRIN3B	O60391	1043 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	GYS1	P13807	737 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRN-218	ENST00000497977	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24

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