RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464956.1

USP40-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 3

Gene USP40, Length 185 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-211ENST00000464956 HACL1Q9UJ83 578 aa4.07□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 AXIN2Q9Y2T1 843 aa4.07□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP4.07□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 COL18A1P39060 1754 aa4.07□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 THSD7BQ9C0I4 1608 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 NUP155O75694 1391 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 EPHX2P34913 555 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 MAP3K12Q12852 859 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 FBXO46Q6PJ61 603 aaPredicted RBP4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CABP2Q9NPB3 220 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 PIK3C2AO00443 1686 aa4.06□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 A0A1W2PPC1 479 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 TRPA1O75762 1119 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CHRNA5P30532 468 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 GPR153Q6NV75 609 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 SAPCD2Q86UD0 394 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 AMIGO3Q86WK7 504 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 DEFB123Q8N688 67 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 NLRP2Q9NX02 1062 aa4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 ARIH1Q9Y4X5 557 aaPredicted RBP4.05□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 POTEFA5A3E0 1075 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 NFKBIEO00221 500 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 WASLO00401 505 aaPredicted RBP4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 GNPATO15228 680 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 NLRP6P59044 892 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CST9Q5W186 159 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 COL26A1Q96A83 441 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 P2RX7Q99572 595 aaKnown RBP4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 BTAF1O14981 1849 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 AKAP12Q02952 1782 aa4.04□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 E9PCH4 1651 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 NSD2O96028 1365 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 PALLDQ8WX93 1383 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 TNFRSF10AO00220 468 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CELF2O95319 508 aaKnown RBP4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 BICDL1Q6ZP65 573 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 ARHGEF25Q86VW2 580 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 TTLL6Q8N841 843 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 LRCH3Q96II8 777 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 RNF186Q9NXI6 227 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 HCN4Q9Y3Q4 1203 aa4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 CPSF1Q10570 1443 aaKnown RBP4.03□□□□□ -1.76
USP40-211ENST00000464956 SOX1O00570 391 aaPredicted RBP4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 EN2P19622 333 aaPredicted RBP4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TRAPPC3LQ5T215 181 aa4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 ALYREFQ86V81 257 aaKnown RBP4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 KCNH5Q8NCM2 988 aa4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa4.02□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TRAF5O00463 557 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 RFC4P35249 363 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 Q7L0L9 218 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 SYNE4Q8N205 404 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 DPF3Q92784 378 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 CCDC102AQ96A19 550 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 ZIC5Q96T25 663 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TMEM106CQ9BVX2 250 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TAOK3Q9H2K8 898 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 IGSF5Q9NSI5 407 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 MTMR10Q9NXD2 777 aa4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP4.01□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 SLIT3O75094 1523 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 RNF123Q5XPI4 1314 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 RPTORQ8N122 1335 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 LTBP3Q9NS15 1303 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 SOX12O15370 315 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 GYS1P13807 737 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 ADRA2BP18089 450 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 FOXK2Q01167 660 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 LINC00116Q8NCU8 138 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 PRO3102Q9H379 93 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 ZNF408Q9H9D4 720 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 CCDC61Q9Y6R9 512 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 VPS8Q8N3P4 1428 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 IFT172Q9UG01 1749 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 INSRP06213 1382 aa4□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 TTC21AQ8NDW8 1320 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 PLEKHG3A1L390 1219 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 HUNKP57058 714 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 RGMBQ6NW40 437 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 C1QTNF1Q9BXJ1 281 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 NR2E3Q9Y5X4 410 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 CASP8AP2Q9UKL3 1982 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 USP54Q70EL1 1684 aa3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 N4BP2Q86UW6 1770 aaPredicted RBP3.99□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 CUL9Q8IWT3 2517 aa3.98□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 KNDC1Q76NI1 1749 aa3.98□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 KIAA1551Q9HCM1 1747 aa3.98□□□□□ -1.77
USP40-211ENST00000464956 PIK3C2GO75747 1445 aa3.98□□□□□ -1.77
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.5 ms