Protein–RNA interactions for Protein: Q5R1C3

Trav3-3, T cell receptor alpha variable 3-3 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trav3-3Q5R1C3 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Trav3-3Q5R1C3 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Trav3-3Q5R1C3 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trav3-3Q5R1C3 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Trav3-3Q5R1C3 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Trav3-3Q5R1C3 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
Trav3-3Q5R1C3 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trav3-3Q5R1C3 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trav3-3Q5R1C3 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trav3-3Q5R1C3 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Trav3-3Q5R1C3 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Trav3-3Q5R1C3 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Trav3-3Q5R1C3 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Trav3-3Q5R1C3 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Trav3-3Q5R1C3 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Trav3-3Q5R1C3 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trav3-3Q5R1C3 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trav3-3Q5R1C3 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trav3-3Q5R1C3 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trav3-3Q5R1C3 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trav3-3Q5R1C3 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Trav3-3Q5R1C3 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trav3-3Q5R1C3 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trav3-3Q5R1C3 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trav3-3Q5R1C3 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trav3-3Q5R1C3 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trav3-3Q5R1C3 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trav3-3Q5R1C3 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Trav3-3Q5R1C3 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Trav3-3Q5R1C3 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trav3-3Q5R1C3 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trav3-3Q5R1C3 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Trav3-3Q5R1C3 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trav3-3Q5R1C3 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trav3-3Q5R1C3 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trav3-3Q5R1C3 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Trav3-3Q5R1C3 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Trav3-3Q5R1C3 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Trav3-3Q5R1C3 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Trav3-3Q5R1C3 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Trav3-3Q5R1C3 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trav3-3Q5R1C3 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Trav3-3Q5R1C3 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trav3-3Q5R1C3 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trav3-3Q5R1C3 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trav3-3Q5R1C3 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
Trav3-3Q5R1C3 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trav3-3Q5R1C3 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trav3-3Q5R1C3 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Trav3-3Q5R1C3 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trav3-3Q5R1C3 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trav3-3Q5R1C3 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Trav3-3Q5R1C3 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trav3-3Q5R1C3 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Trav3-3Q5R1C3 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trav3-3Q5R1C3 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trav3-3Q5R1C3 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trav3-3Q5R1C3 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trav3-3Q5R1C3 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Trav3-3Q5R1C3 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Trav3-3Q5R1C3 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Trav3-3Q5R1C3 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
Trav3-3Q5R1C3 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Trav3-3Q5R1C3 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Trav3-3Q5R1C3 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Trav3-3Q5R1C3 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trav3-3Q5R1C3 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
Trav3-3Q5R1C3 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Trav3-3Q5R1C3 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Trav3-3Q5R1C3 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trav3-3Q5R1C3 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trav3-3Q5R1C3 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trav3-3Q5R1C3 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Trav3-3Q5R1C3 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Trav3-3Q5R1C3 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Trav3-3Q5R1C3 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Trav3-3Q5R1C3 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Trav3-3Q5R1C3 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Trav3-3Q5R1C3 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Trav3-3Q5R1C3 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Trav3-3Q5R1C3 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Trav3-3Q5R1C3 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Trav3-3Q5R1C3 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Trav3-3Q5R1C3 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Trav3-3Q5R1C3 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Trav3-3Q5R1C3 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms