Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL8A1P27658 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms