Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SNORA67.3-201ENST00000384366 140 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR516A2-201ENST00000384888 90 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR516A1-201ENST00000385033 90 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNA5SP338-201ENST00000410495 85 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORA25.16-201ENST00000516741 121 ntBASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 AC024382.1-201ENST00000520224 292 ntTSL 3 BASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SCN7A-201ENST00000409855 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.26□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-580P-201ENST00000365159 107 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-1296P-201ENST00000383879 107 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR17-201ENST00000385012 84 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 AL591806.2-201ENST00000433122 173 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR18B-201ENST00000454574 71 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 Y_RNA.648-201ENST00000459455 110 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 AC104435.1-201ENST00000483483 166 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORA25.13-201ENST00000516395 103 ntBASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 OR5M1-202ENST00000641076 4302 ntAPPRIS P1 BASIC2.25□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-403P-201ENST00000363163 104 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORA72.6-201ENST00000384520 129 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR30A-201ENST00000385092 71 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR764-201ENST00000390811 85 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 snoU13.11-201ENST00000459219 104 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 AC015712.3-201ENST00000559380 164 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR3937-201ENST00000580135 106 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR219B-201ENST00000637023 88 ntBASIC2.24□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORD36A-201ENST00000362874 73 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU4-58P-201ENST00000363192 141 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 Y_RNA.588-201ENST00000391254 102 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-1254P-201ENST00000391266 104 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RPL23AP42-201ENST00000471152 471 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR3664-201ENST00000579074 99 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR4712-201ENST00000583750 82 ntBASIC2.23□□□□□ -2.05
USP4Q13107 ZDBF2-202ENST00000611847 9890 ntTSL 5 BASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-776P-201ENST00000364403 104 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-1022P-201ENST00000365049 104 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU1-36P-201ENST00000365130 165 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-53P-201ENST00000365367 106 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 Y_RNA.508-201ENST00000384502 114 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-482P-201ENST00000391068 107 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORA48.3-201ENST00000391081 134 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 RNU6-243P-201ENST00000391140 107 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORA44.1-201ENST00000517031 108 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 MIR4536-1-201ENST00000583537 88 ntBASIC2.22□□□□□ -2.05
USP4Q13107 SNORD33-201ENST00000362761 85 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU6-1065P-201ENST00000384513 106 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 ZNF355P-201ENST00000427301 3216 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 TTTY16-201ENST00000437686 192 ntTSL 1 (best) BASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU7-106P-201ENST00000459514 67 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU6-165P-201ENST00000517170 99 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 uc_338.20-201ENST00000621563 178 ntBASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 OR2L2-202ENST00000641771 4300 ntAPPRIS P1 BASIC2.21□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AL359851.1-201ENST00000569460 4997 ntBASIC2.2□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AL356379.1-201ENST00000414105 126 ntBASIC2.2□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNA5SP233-201ENST00000459153 113 ntBASIC2.2□□□□□ -2.06
USP4Q13107 snoU13.21-201ENST00000459368 105 ntBASIC2.19□□□□□ -2.06
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USP4Q13107 AP001109.1-201ENST00000587114 279 ntTSL 3 BASIC2.19□□□□□ -2.06
USP4Q13107 5S_rRNA.15-201ENST00000611169 127 ntBASIC2.19□□□□□ -2.06
USP4Q13107 TDRD15-202ENST00000622654 5805 ntAPPRIS P1 BASIC2.19□□□□□ -2.06
USP4Q13107 TRAJ11-201ENST00000390526 60 ntAPPRIS P1 BASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU6-129P-201ENST00000391022 107 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 MIR889-201ENST00000401280 79 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU6-717P-201ENST00000459076 104 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNA5SP364-201ENST00000516938 78 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU4ATAC9P-201ENST00000517146 126 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AC023934.1-201ENST00000574529 2389 ntBASIC2.18□□□□□ -2.06
USP4Q13107 CTDSPL2-202ENST00000558373 4255 ntTSL 1 (best) BASIC2.18□□□□□ -2.06
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USP4Q13107 SCN7A-207ENST00000621965 7186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 Y_RNA.330-201ENST00000365230 109 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 SNORD63B-201ENST00000411005 70 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AL450471.1-201ENST00000447509 127 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU7-185P-201ENST00000459215 60 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 RNU6-548P-201ENST00000517083 115 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AC007450.1-201ENST00000536492 188 ntTSL 3 BASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AC013244.2-201ENST00000603396 103 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
USP4Q13107 LRRCC1-202ENST00000414626 4493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.17□□□□□ -2.06
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USP4Q13107 RNU6ATAC6P-201ENST00000408132 126 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP4Q13107 SNORD83.1-201ENST00000411362 77 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AL512310.8-201ENST00000550183 120 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP4Q13107 MIR5002-201ENST00000584713 97 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP4Q13107 AL627230.6-201ENST00000611129 280 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
USP4Q13107 KNL1-204ENST00000527044 5404 ntTSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.06
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USP4Q13107 RNA5SP37-201ENST00000365420 130 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-811P-201ENST00000384069 107 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR635-201ENST00000384830 98 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 TRAJ47-201ENST00000390490 57 ntAPPRIS P1 BASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 U8.13-201ENST00000390842 128 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 HMGN2P19-201ENST00000425149 265 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC048334.1-201ENST00000477975 159 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 MIR4796-201ENST00000580742 81 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AL353997.5-201ENST00000618886 171 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 AC008163.1-205ENST00000413944 4649 ntTSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-624P-201ENST00000363411 107 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNU6-478P-201ENST00000363904 110 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP4Q13107 Y_RNA.283-201ENST00000364798 112 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP4Q13107 RNA5SP292-201ENST00000390974 118 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP4Q13107 5S_rRNA.2-201ENST00000391293 112 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
USP4Q13107 SNORD100-201ENST00000408573 76 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
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