Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms