Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6ATAC10P-201ENST00000408635 111 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC245052.1-201ENST00000426213 410 ntTSL 3 BASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SCARNA13-201ENST00000516672 275 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-1149P-201ENST00000516810 97 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RN7SKP57-201ENST00000517248 293 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC008507.4-201ENST00000585464 127 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC022217.4-201ENST00000604389 163 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 uc_338.28-201ENST00000612082 187 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AL359075.3-201ENST00000613288 217 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 ST7-OT4_1.1-201ENST00000615322 200 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 UBA5-201ENST00000264991 2850 ntTSL 5 BASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MCF2-204ENST00000414978 3813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR126-201ENST00000362291 85 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-32P-201ENST00000383948 107 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-13P-201ENST00000384248 107 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-12P-201ENST00000384604 107 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-41P-201ENST00000384741 107 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNORA48.8-201ENST00000391324 134 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 NDUFB4P4-201ENST00000404822 243 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU2-63P-201ENST00000410792 194 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC007064.1-201ENST00000412238 351 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 EDDM3CP-201ENST00000415977 425 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 TRIAP1P1-201ENST00000427062 225 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 YPEL5P2-201ENST00000605553 359 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 KIAA1841-211ENST00000612149 4202 ntTSL 5 BASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR7112-201ENST00000616126 65 ntBASIC3.57□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SLC5A3-201ENST00000381151 11576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SKIL-203ENST00000426052 2757 ntTSL 2 BASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR634-201ENST00000385208 97 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR561-201ENST00000385216 97 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNORD77.3-201ENST00000391113 65 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC006539.3-201ENST00000454258 129 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SCGB1D5P-201ENST00000515134 247 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNORA72.7-201ENST00000516349 94 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 Y_RNA.694-201ENST00000516677 117 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-341P-201ENST00000516973 96 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC005000.2-201ENST00000605468 310 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR338-201ENST00000636369 67 ntBASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 FAM214A-204ENST00000546305 3697 ntTSL 2 BASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 LINC00645-203ENST00000557399 3512 ntTSL 1 (best) BASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 TAB3-203ENST00000378930 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.56□□□□□ -1.84
USP4Q13107 THNSL1-201ENST00000376356 3691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 NUFIP2-201ENST00000225388 10850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SKIL-202ENST00000413427 2702 ntTSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNA5SP125-201ENST00000364843 120 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNA5SP293-201ENST00000410527 113 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-412P-201ENST00000516434 106 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU1-142P-201ENST00000516682 145 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-667P-201ENST00000517186 102 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR5582-201ENST00000579697 68 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR4276-201ENST00000584832 70 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 hsa-mir-4776-1.1-201ENST00000636364 80 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 U6.108-201ENST00000637764 58 ntBASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SLC39A10-202ENST00000409086 5432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 ZNF415-224ENST00000601493 2132 ntTSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 NEB-201ENST00000172853 20634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.55□□□□□ -1.84
USP4Q13107 ZNF271P-202ENST00000465539 1970 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MAP4K3-205ENST00000437545 3924 ntTSL 5 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 FOXP2-206ENST00000393491 6085 ntTSL 5 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AGL-205ENST00000370163 7166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 CCDC168-201ENST00000322527 21466 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR548A2-201ENST00000384956 97 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 CALM2P4-201ENST00000430810 426 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNRPGP13-201ENST00000442212 177 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RPS29P12-201ENST00000460178 152 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC010401.1-201ENST00000463867 348 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RPS29P24-201ENST00000486345 171 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 Y_RNA.714-201ENST00000517065 90 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC079466.2-201ENST00000585394 185 ntTSL 5 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AL591926.4-201ENST00000616895 298 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR8057-201ENST00000620957 69 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 C20orf24-208ENST00000639924 351 ntTSL 5 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RASA1-202ENST00000456692 3776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 DMD-203ENST00000357033 13956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC068647.1-201ENST00000489539 2265 ntBASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 KBTBD3-207ENST00000534815 3396 ntTSL 5 BASIC3.54□□□□□ -1.84
USP4Q13107 FAM35CP-201ENST00000554755 2470 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 CCSER2-201ENST00000224756 7664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR30E-201ENST00000362104 92 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 MIR592-201ENST00000384959 97 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNA5SP136-201ENST00000410906 107 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AL357552.1-201ENST00000445254 415 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC122707.1-201ENST00000502882 219 ntTSL 2 BASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-113P-201ENST00000516653 101 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SCARNA15-202ENST00000516881 127 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNA5SP380-201ENST00000517190 98 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC068657.1-201ENST00000520807 306 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC007012.1-201ENST00000567192 175 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AL137067.1-201ENST00000615933 120 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 AC245427.9-201ENST00000633713 53 ntAPPRIS P1 BASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 Z83843.1-201ENST00000604070 3685 ntBASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 HERC4-201ENST00000277817 4371 ntTSL 1 (best) BASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 GPRC6A-202ENST00000368549 2622 ntTSL 1 (best) BASIC3.53□□□□□ -1.84
USP4Q13107 TTN-204ENST00000360870 18218 ntTSL 5 BASIC3.53□□□□□ -1.85
USP4Q13107 THOC2-201ENST00000245838 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.366-201ENST00000365540 102 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-106P-201ENST00000384405 107 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL117342.1-201ENST00000404861 406 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 LINC02532-205ENST00000430094 628 ntTSL 5 BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL049830.1-201ENST00000468034 425 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.4 ms