Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 IBTK-209ENST00000510291 4109 ntTSL 1 (best) BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 PSMA5-201ENST00000271308 3729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.65□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-880P-201ENST00000384526 107 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR1263-201ENST00000408324 86 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 FO680682.1-201ENST00000421261 345 ntTSL 3 BASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC005326.1-201ENST00000429197 123 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SNRPGP10-201ENST00000432323 225 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 CYP2C59P-201ENST00000457790 269 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU2-27P-201ENST00000516185 142 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-1146P-201ENST00000516282 102 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC022784.2-201ENST00000521298 328 ntTSL 2 BASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 5S_rRNA.12-201ENST00000617631 107 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR3651-201ENST00000630427 90 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ERMN-205ENST00000410096 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ATP2B1-203ENST00000393164 3127 ntTSL 1 (best) BASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MFSD8-233ENST00000641482 4860 ntBASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 CEP85L-202ENST00000368488 7118 ntTSL 5 BASIC3.65□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ATP2C1-202ENST00000359644 3401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR340-201ENST00000362125 95 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SNORD61-201ENST00000384252 73 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RPS15AP28-201ENST00000435088 386 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 BX510359.1-201ENST00000456973 237 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU7-99P-201ENST00000516271 62 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-1291P-201ENST00000516591 104 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 IGKV1-22-201ENST00000524313 326 ntBASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 BMP5-201ENST00000370830 3952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ANKRD36-208ENST00000639751 3090 ntTSL 5 BASIC3.64□□□□□ -1.83
USP4Q13107 IL1RL1-204ENST00000409584 2693 ntTSL 5 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 USP9Y-201ENST00000338981 10036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 DPP10-205ENST00000410059 6278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR95-201ENST00000385072 81 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SNORD72-201ENST00000390994 80 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RN7SKP111-201ENST00000410349 271 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AL138962.1-201ENST00000417987 411 ntTSL 5 BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC092185.1-201ENST00000491371 97 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC011406.1-201ENST00000512440 370 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-1270P-201ENST00000517128 108 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC006254.2-201ENST00000603259 279 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC107294.3-201ENST00000609211 526 ntBASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SOCS4-201ENST00000339298 6667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 KTN1-204ENST00000395311 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SAMD9-201ENST00000379958 6852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.83
USP4Q13107 EXOC6-203ENST00000371552 3564 ntTSL 5 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ARHGAP12-201ENST00000311380 4625 ntTSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNF17-201ENST00000255324 5119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 C5orf51-201ENST00000381647 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.253-201ENST00000364562 112 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNA5SP467-201ENST00000391274 118 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU2-48P-201ENST00000410694 191 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNA5SP120-201ENST00000410900 112 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RN7SL442P-201ENST00000473804 320 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SEM1P1-201ENST00000506694 209 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.666-201ENST00000516187 112 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 IGHVIII-67-2-201ENST00000519849 88 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC007229.1-201ENST00000590455 412 ntBASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ZNF626-204ENST00000612591 4404 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.62□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR450A1-201ENST00000362262 91 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SNORA68.1-201ENST00000364537 132 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.267-201ENST00000364679 109 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-1292P-201ENST00000383856 107 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR591-201ENST00000385290 95 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Z92545.1-201ENST00000411782 234 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RN7SL594P-201ENST00000470590 287 ntBASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ZNF804B-202ENST00000611114 3968 ntTSL 5 BASIC3.61□□□□□ -1.83
USP4Q13107 CEP57L1-213ENST00000520883 2055 ntTSL 5 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 snoU2-30.2-201ENST00000362805 70 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AL031737.1-201ENST00000450125 223 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RPS27P29-201ENST00000463110 252 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC023141.11-201ENST00000508864 202 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-693P-201ENST00000516134 107 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNA5SP236-201ENST00000516169 116 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU6-1041P-201ENST00000516254 102 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 LINC02164-201ENST00000566684 272 ntTSL 3 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AL355297.2-201ENST00000604792 129 ntBASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 HMHB1-202ENST00000638299 126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MACF1-201ENST00000289893 19141 ntTSL 5 BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 ELF1-201ENST00000239882 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 CHD1-201ENST00000284049 6457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SLC9C1-205ENST00000487372 3979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.83
USP4Q13107 LUZP2-208ENST00000620308 4981 ntTSL 5 BASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.116-201ENST00000363292 103 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNA5SP42-201ENST00000364278 115 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.495-201ENST00000384435 112 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 Y_RNA.528-201ENST00000384575 108 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU11-5P-201ENST00000391216 129 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AL031121.1-201ENST00000406553 254 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC006989.1-201ENST00000427212 131 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC115115.1-201ENST00000449927 248 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 SNORA48.11-201ENST00000517015 89 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 RNU7-128P-201ENST00000517247 62 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 IGKV2-26-201ENST00000518305 343 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC009930.1-201ENST00000522330 191 ntTSL 5 BASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC009623.2-201ENST00000522524 465 ntTSL 3 BASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AL356280.1-201ENST00000603614 379 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 MIR6079-201ENST00000635807 62 ntBASIC3.59□□□□□ -1.83
USP4Q13107 AC018630.2-201ENST00000534866 2403 ntBASIC3.59□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RGPD3-202ENST00000409886 5594 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 RNU6-888P-201ENST00000363010 101 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNORA38.1-201ENST00000364172 131 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
USP4Q13107 SNORD24-201ENST00000383884 75 ntBASIC3.58□□□□□ -1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.3 ms