Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MACF1-201ENST00000289893 19141 ntTSL 5 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 MIR423-201ENST00000362201 94 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORA72-201ENST00000384339 132 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORD116-13-201ENST00000384408 92 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RHEBP3-201ENST00000411920 351 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC010731.3-201ENST00000415029 566 ntTSL 4 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 CYCSP48-201ENST00000417124 323 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 LINC02559-201ENST00000420391 188 ntTSL 2 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 NDUFB4P6-201ENST00000436819 366 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 LINC01162-201ENST00000447262 447 ntTSL 5 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU2-44P-201ENST00000516795 194 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 TUG1-202ENST00000521091 2110 ntTSL 1 (best) BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 IGKV1-22-201ENST00000524313 326 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC018630.3-201ENST00000542637 96 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 POC1B-211ENST00000549504 581 ntTSL 5 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 EIF4A1P12-201ENST00000551910 141 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AP003357.1-201ENST00000604497 148 ntBASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 OXR1-205ENST00000442977 2956 ntTSL 2 BASIC3.81□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 GEN1-201ENST00000317402 9854 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 PRKACB-207ENST00000394838 4294 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SLC5A3-201ENST00000381151 11576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 N4BP2L2-211ENST00000504114 2513 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 IL33-202ENST00000417746 2327 ntTSL 2 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU4-15P-201ENST00000362613 141 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 Y_RNA.40-201ENST00000362645 93 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-136P-201ENST00000384663 107 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORD72-201ENST00000390994 80 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AP003170.3-201ENST00000399123 158 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL445490.2-201ENST00000440492 441 ntTSL 3 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 U91324.1-201ENST00000442864 447 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC090515.1-201ENST00000465295 476 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC006445.2-201ENST00000510061 472 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORA70.12-201ENST00000516084 153 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AP003327.1-201ENST00000529684 127 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 PTP4A1-204ENST00000578299 135 ntTSL 2 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 MSMB-202ENST00000582163 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL138880.2-201ENST00000616214 239 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL137790.1-201ENST00000634283 177 ntBASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 TTN-204ENST00000360870 18218 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 ERBIN-203ENST00000380938 4701 ntTSL 2 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 PREPL-207ENST00000409957 4703 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 OXR1-207ENST00000497705 2007 ntTSL 2 BASIC3.8□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SULT1B1-201ENST00000310613 7115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 KCNT2-202ENST00000367433 5883 ntTSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 ATP13A3-203ENST00000439040 7720 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 Y_RNA.281-201ENST00000364774 94 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-1107P-201ENST00000364817 104 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-851P-201ENST00000384565 107 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 MIR518C-201ENST00000384822 101 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 MIR184-201ENST00000384962 84 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL133475.1-201ENST00000404414 305 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RN7SKP101-201ENST00000411376 320 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 EEF1A1P41-201ENST00000414667 207 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC083906.5-201ENST00000503722 328 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-638P-201ENST00000516582 104 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-1073P-201ENST00000517182 106 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 5S_rRNA.12-201ENST00000617631 107 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC096644.4-201ENST00000563417 2912 ntBASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 LATS1-201ENST00000253339 4256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 CHM-205ENST00000615443 2821 ntTSL 1 (best) BASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 C6orf10-202ENST00000375015 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL672296.1-201ENST00000427780 2158 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 ZBED5-202ENST00000432999 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 U3.8-201ENST00000363675 217 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORD18B-201ENST00000365659 72 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 Y_RNA.432-201ENST00000384087 111 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 SNORA51.10-201ENST00000384418 136 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL365496.1-201ENST00000426885 215 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RPL39P40-201ENST00000445481 146 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 RNU6-1337P-201ENST00000516525 95 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 POLR3GP1-201ENST00000594073 261 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC062037.1-201ENST00000605302 128 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AL021707.8-201ENST00000609428 183 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 MIR7106-201ENST00000612419 65 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 NBPF20-201ENST00000369373 18760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 AC007256.1-201ENST00000392253 2765 ntBASIC3.78□□□□□ -1.8
TRIM28Q13263 KIAA1841-211ENST00000612149 4202 ntTSL 5 BASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNA5SP173-201ENST00000364857 136 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 Y_RNA.328-201ENST00000365208 113 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 Y_RNA.558-201ENST00000384685 113 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 TRAJ17-201ENST00000390520 63 ntAPPRIS P1 BASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 AL139281.1-201ENST00000422120 335 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 AL135938.1-201ENST00000443141 297 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RN7SL20P-201ENST00000488827 297 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RN7SKP289-201ENST00000517244 295 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 PRELID2P1-201ENST00000552837 301 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 MIR6852-201ENST00000621699 66 ntBASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 ARID2-206ENST00000457135 4356 ntTSL 1 (best) BASIC3.77□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 TRDN-201ENST00000334268 4770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 WHAMMP2-201ENST00000512149 5482 ntTSL 5 BASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 EVI5-208ENST00000540033 7436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 SYNE2-202ENST00000344113 21777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 FRS2-201ENST00000397997 6550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNU6-766P-201ENST00000362478 107 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNU6-756P-201ENST00000383997 107 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNU6-1323P-201ENST00000384025 107 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNA5SP496-201ENST00000391240 109 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 AL355796.1-201ENST00000406706 323 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNU2-55P-201ENST00000411146 174 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
TRIM28Q13263 RNA5SP217-201ENST00000515959 91 ntBASIC3.76□□□□□ -1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.9 ms