| NAE1 | Q13564 | SNORD115-3-201 | ENST00000363100 | 82 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORD114-6-201 | ENST00000364393 | 72 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-418P-201 | ENST00000384035 | 107 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR548B-201 | ENST00000385247 | 97 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | HMGN2P39-201 | ENST00000398005 | 273 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL355497.1-201 | ENST00000406262 | 551 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORD12B-201 | ENST00000410433 | 91 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC139712.2-201 | ENST00000424302 | 339 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | NDUFB4P10-201 | ENST00000452541 | 359 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC112492.4-201 | ENST00000456549 | 352 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU7-193P-201 | ENST00000516723 | 65 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | HSBP1P1-201 | ENST00000555205 | 166 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02104-202 | ENST00000604954 | 599 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL357054.2-201 | ENST00000607644 | 423 nt | TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | MALAT1-207 | ENST00000613376 | 132 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR6873-201 | ENST00000622788 | 63 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | hsa-mir-548d-1.1-201 | ENST00000636914 | 97 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC091812.1-201 | ENST00000432235 | 1948 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02555-201 | ENST00000563933 | 1951 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC011124.2-201 | ENST00000518739 | 3222 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC005592.1-201 | ENST00000566527 | 1640 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | CGGBP1-202 | ENST00000398392 | 5298 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | CHORDC1-205 | ENST00000529726 | 4805 nt | TSL 2 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | U3.8-201 | ENST00000363675 | 217 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-160P-201 | ENST00000384591 | 107 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNA5SP508-201 | ENST00000411327 | 119 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | ELOCP21-201 | ENST00000412558 | 336 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC092813.2-201 | ENST00000434540 | 399 nt | TSL 3 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL357134.1-201 | ENST00000445848 | 426 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | UQCRBP2-201 | ENST00000447827 | 297 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC016717.1-201 | ENST00000448918 | 286 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA59A-201 | ENST00000459326 | 152 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC079804.2-201 | ENST00000490376 | 200 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SRP72-202 | ENST00000504757 | 745 nt | TSL 2 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC067942.3-201 | ENST00000512025 | 362 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC074133.1-201 | ENST00000515696 | 183 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-948P-201 | ENST00000516374 | 107 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SCARNA16.3-201 | ENST00000516595 | 184 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-1012P-201 | ENST00000516606 | 109 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA31.25-201 | ENST00000517242 | 134 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| NAE1 | Q13564 | ANKRD20A9P-201 | ENST00000457997 | 2978 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | THOC2-216 | ENST00000491737 | 4452 nt | TSL 5 BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-1235P-201 | ENST00000384559 | 107 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR518A2-201 | ENST00000384966 | 87 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA40.19-201 | ENST00000390846 | 128 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA48.3-201 | ENST00000391081 | 134 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.645-201 | ENST00000391229 | 102 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA11.4-201 | ENST00000408823 | 129 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC074290.1-201 | ENST00000448883 | 135 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU1-131P-201 | ENST00000458943 | 161 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-498P-201 | ENST00000459468 | 107 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU7-57P-201 | ENST00000459540 | 60 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC010469.2-201 | ENST00000496412 | 480 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC093852.1-201 | ENST00000503587 | 266 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA40.9-201 | ENST00000515895 | 93 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU2-34P-201 | ENST00000516534 | 121 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL157911.1-202 | ENST00000554123 | 502 nt | TSL 3 BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR4435-1-201 | ENST00000582552 | 80 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | U6.92-201 | ENST00000636464 | 89 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNA5SP493-201 | ENST00000364115 | 91 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORD78.2-201 | ENST00000391076 | 69 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNAP23-203 | ENST00000397138 | 477 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MRPL42P3-201 | ENST00000401492 | 326 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | U3.40-201 | ENST00000408706 | 208 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | Z98742.3-201 | ENST00000418637 | 326 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | BX510359.4-201 | ENST00000423750 | 193 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | DLEU2_2.2-201 | ENST00000615474 | 90 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL590808.1-201 | ENST00000618696 | 141 nt | BASIC | 2.07 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIER3-204 | ENST00000381226 | 5210 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | KIF20B-202 | ENST00000371728 | 6419 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU1-58P-201 | ENST00000362413 | 163 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.202-201 | ENST00000364083 | 110 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-926P-201 | ENST00000384075 | 107 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA51.11-201 | ENST00000384442 | 131 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-1011P-201 | ENST00000384668 | 107 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR1283-2-201 | ENST00000408621 | 87 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL135786.1-201 | ENST00000415892 | 214 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL356320.1-201 | ENST00000429616 | 163 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | FCF1P4-201 | ENST00000448326 | 183 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC008852.1-201 | ENST00000510198 | 451 nt | TSL 2 BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-856P-201 | ENST00000516959 | 98 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC018448.1-201 | ENST00000552843 | 316 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR3169-201 | ENST00000578032 | 83 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC245748.3-201 | ENST00000588710 | 241 nt | TSL 3 BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC013412.1-201 | ENST00000610687 | 192 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL590240.4-201 | ENST00000616908 | 390 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | Six3os1_7.1-201 | ENST00000621512 | 201 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC130454.1-201 | ENST00000622948 | 401 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | snoZ196.1-201 | ENST00000625269 | 89 nt | BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RBMS2-209 | ENST00000639027 | 192 nt | TSL 5 BASIC | 2.06 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | OR5M1-202 | ENST00000641076 | 4302 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | KTN1-214 | ENST00000554507 | 2057 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | ANKRD30BP1-201 | ENST00000451052 | 2186 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC009487.4-201 | ENST00000624969 | 3585 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | OSTN-201 | ENST00000339051 | 402 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA33.2-201 | ENST00000365413 | 134 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORD14.1-201 | ENST00000365609 | 90 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-301P-201 | ENST00000384277 | 107 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | MRPL35P1-201 | ENST00000404272 | 572 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA3.2-201 | ENST00000408221 | 125 nt | BASIC | 2.05 | □□□□□ -2.08 | | |