Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC100778.1-201ENST00000583579 332 ntTSL 3 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 DNAJC19P2-201ENST00000593340 302 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR7151-201ENST00000617477 60 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ZFYVE16-201ENST00000338008 6773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SLITRK5-201ENST00000325089 21103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 USP34-201ENST00000398571 11357 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AK9-203ENST00000368948 2478 ntTSL 5 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 LINC00907-209ENST00000593234 3376 ntTSL 1 (best) BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ATP8B4-201ENST00000284509 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MAPK10-372ENST00000641954 3413 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ARAP2-210ENST00000618163 2592 ntTSL 5 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PPIP5K2-215ENST00000613674 4933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ORMDL1-201ENST00000325795 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 U3.9-201ENST00000363823 204 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 DPRX-201ENST00000376650 648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORA18.2-201ENST00000383865 132 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORA72.4-201ENST00000384174 132 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-748P-201ENST00000384648 107 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 IGLV5-37-201ENST00000390300 374 ntAPPRIS P1 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL023693.1-201ENST00000434255 216 ntTSL 5 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL162151.2-201ENST00000448875 158 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 APOA2-205ENST00000468465 421 ntTSL 2 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL23AP70-201ENST00000483361 460 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SCARNA8-201ENST00000515924 131 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU2-44P-201ENST00000516795 194 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-453P-201ENST00000516819 85 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC113192.1-201ENST00000527270 321 ntTSL 3 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL137843.1-201ENST00000605078 385 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR3658-201ENST00000636291 56 ntBASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 OR56A1-203ENST00000641900 8448 ntAPPRIS P1 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 CCDC178-205ENST00000406524 3039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 CNOT2-231ENST00000551483 4753 ntTSL 2 BASIC4.36□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PPP1R9A-202ENST00000340694 9689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 CNTN6-201ENST00000350110 3814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 R3HDM1-220ENST00000628915 4325 ntTSL 5 BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 OR56A3-203ENST00000641160 4438 ntAPPRIS P1 BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.71-201ENST00000362892 104 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORD114-19-201ENST00000363072 75 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-899P-201ENST00000363947 107 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.243-201ENST00000364481 109 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.353-201ENST00000365440 108 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP504-201ENST00000410676 117 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC090617.2-201ENST00000433167 404 ntTSL 3 BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL451129.1-201ENST00000437471 285 ntTSL 3 BASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 HMGN2P20-201ENST00000437531 273 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC108488.2-201ENST00000438485 421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.35□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 AC114741.1-201ENST00000504357 464 ntTSL 2 BASIC4.35□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 uc_338.32-201ENST00000615087 172 ntBASIC4.35□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 RNU6-91P-201ENST00000607774 107 ntBASIC4.34□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC069200.1-201ENST00000609511 323 ntBASIC4.34□□□□□ -1.71
USP4Q13107 KCNJ16-201ENST00000283936 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.71
USP4Q13107 C12orf45-204ENST00000552951 23529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 RANBP2-201ENST00000283195 11711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MCF2-210ENST00000536274 3461 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.34□□□□□ -1.72
USP4Q13107 XIRP2-204ENST00000409273 12269 ntTSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.72
USP4Q13107 IFT80-220ENST00000483465 4044 ntTSL 1 (best) BASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 LRMP-201ENST00000354454 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 RNU1-75P-201ENST00000347264 129 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
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USP4Q13107 Y_RNA.127-201ENST00000363386 109 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
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USP4Q13107 Y_RNA.341-201ENST00000365341 102 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 RNU6-969P-201ENST00000383900 105 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 RNU6-855P-201ENST00000410395 104 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 RNU2-49P-201ENST00000410666 184 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AL714022.1-201ENST00000439897 151 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC074290.1-201ENST00000448883 135 ntBASIC4.33□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AL353742.1-201ENST00000453455 224 ntTSL 3 BASIC4.33□□□□□ -1.72
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