Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN4AP35499 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms