Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC004825.2-201ENST00000616634 455 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ST7-OT4_2.1-201ENST00000619089 172 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 Y_RNA.778-201ENST00000620203 90 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LRRC9-202ENST00000445360 4717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 NUP205-201ENST00000285968 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CUL1P1-201ENST00000509510 2425 ntBASIC4.52□□□□□ -1.69
USP4Q13107 NCOA1-201ENST00000288599 6952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LRFN5-204ENST00000554171 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CNOT10-206ENST00000454516 2760 ntTSL 2 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 OR9H1P-201ENST00000446393 4888 ntAPPRIS P1 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 WAC-221ENST00000628285 2740 ntTSL 1 (best) BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SNORA31-201ENST00000362607 130 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CBX3P9-201ENST00000402326 552 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SNORA74C-2-201ENST00000411179 201 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 HSPE1P12-201ENST00000412576 301 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CRYBB2P1-203ENST00000415709 538 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC100770.1-201ENST00000532310 322 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC011602.1-201ENST00000546484 331 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL157911.1-202ENST00000554123 502 ntTSL 3 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CR936218.1-201ENST00000570454 304 ntTSL 2 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR3923-201ENST00000579521 83 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR8059-201ENST00000620427 81 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL034408.1-202ENST00000636088 415 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 GABRG2-210ENST00000638772 7669 ntTSL 5 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC007656.2-201ENST00000624902 4547 ntBASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 OR6P1-202ENST00000641540 3255 ntAPPRIS P1 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 THOC1-221ENST00000631280 2011 ntTSL 5 BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CNOT1-201ENST00000317147 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.51□□□□□ -1.69
USP4Q13107 C8orf34-203ENST00000348340 3571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IL33-203ENST00000456383 2501 ntTSL 5 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CCNH-206ENST00000508855 2391 ntTSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TRIQK-214ENST00000521988 3672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ITCH-202ENST00000374864 6401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP388-201ENST00000362584 119 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 Y_RNA.415-201ENST00000384012 112 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR3074-201ENST00000384885 81 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU6-257P-201ENST00000410238 98 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL591419.1-201ENST00000427423 339 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU5F-2P-201ENST00000516066 82 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL139193.1-201ENST00000554967 539 ntTSL 4 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TGIF1P1-201ENST00000558095 802 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR1254-2-201ENST00000579553 63 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MIR3136-201ENST00000583498 78 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC007952.9-201ENST00000584365 191 ntTSL 3 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CT45A5-202ENST00000617203 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP196-201ENST00000625967 102 ntBASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LINC02086-205ENST00000628749 679 ntTSL 5 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LRRC49-224ENST00000560691 2531 ntTSL 2 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IL23R-205ENST00000637002 2208 ntTSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC005550.3-201ENST00000451240 3743 ntTSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 PARPBP-201ENST00000327680 3014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 LBR-202ENST00000338179 3812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ZNF594-201ENST00000399604 4862 ntAPPRIS P1 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SEC31A-215ENST00000505472 4159 ntTSL 5 BASIC4.5□□□□□ -1.69
USP4Q13107 POSTN-201ENST00000379742 3071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 IFI44L-201ENST00000370751 5874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MARCH1-201ENST00000274056 5367 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL591441.1-201ENST00000618108 2247 ntTSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SETDB2-202ENST00000317257 5619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ZNF382-203ENST00000435416 3865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CTNNA3-203ENST00000433211 10675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CCDC30-203ENST00000428554 3063 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU6-239P-201ENST00000390990 99 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 PTMAP5-201ENST00000393073 333 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL133475.1-201ENST00000404414 305 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU6ATAC34P-201ENST00000408879 121 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TRAPPC2P4-201ENST00000421750 331 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CR769767.1-201ENST00000436337 346 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL161651.1-201ENST00000440882 223 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC003988.1-201ENST00000447198 578 ntTSL 5 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC010409.1-201ENST00000487382 476 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SRI-210ENST00000490437 570 ntTSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AL592156.1-201ENST00000508758 304 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC006445.2-201ENST00000510061 472 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC023141.12-201ENST00000512399 199 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP49-201ENST00000516450 115 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNU2-12P-201ENST00000517216 168 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC090985.1-201ENST00000554440 480 ntTSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC026992.1-202ENST00000558454 421 ntTSL 3 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC105137.2-201ENST00000569073 466 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RPL38-208ENST00000584577 344 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 U91328.3-201ENST00000608931 354 ntTSL 3 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 FAM27D1-201ENST00000612308 341 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC005520.5-201ENST00000613926 164 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC091905.2-201ENST00000623143 306 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC073308.1-201ENST00000623696 305 ntBASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MBNL1-211ENST00000463374 5092 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 CLCA2-201ENST00000370565 4025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 ENPP2-202ENST00000259486 3233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 TAOK3-202ENST00000419821 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MAPK10-353ENST00000641803 8483 ntAPPRIS P2 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RXFP1-204ENST00000423548 3930 ntTSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.69
USP4Q13107 POLK-201ENST00000241436 5911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SLAIN2-205ENST00000512093 4219 ntTSL 5 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 MFN1-201ENST00000263969 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 AC004944.1-201ENST00000517807 3059 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 USH2A-202ENST00000366942 6320 ntTSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 VEPH1-203ENST00000392833 3979 ntTSL 1 (best) BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 SMC6-203ENST00000402989 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.48□□□□□ -1.69
USP4Q13107 RNA5SP307-201ENST00000362863 116 ntBASIC4.48□□□□□ -1.69
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