Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6-131P-201ENST00000391144 107 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP39-201ENST00000411245 120 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1199P-201ENST00000411249 104 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RPS26P42-201ENST00000413485 326 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Z74021.1-201ENST00000423610 407 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC019205.3-201ENST00000424573 156 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 BTF3P11-201ENST00000426582 477 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 HMGB1P37-201ENST00000439613 609 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RN7SL41P-201ENST00000476144 297 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 NACAP3-201ENST00000552100 481 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 DEFB117-201ENST00000602356 141 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LINC00993-204ENST00000606476 500 ntTSL 5 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL008718.3-201ENST00000610217 321 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC023043.4-201ENST00000612081 449 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR6891-201ENST00000618788 93 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL445567.2-201ENST00000618935 498 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 FBXL13-204ENST00000436908 2577 ntTSL 5 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AL360270.1-201ENST00000440689 2359 ntTSL 2 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC099654.7-201ENST00000635788 2127 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CFHR4-202ENST00000367416 2178 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CASK-207ENST00000421587 8204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CDK14-201ENST00000265741 4953 ntTSL 1 (best) BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 FAM35BP-202ENST00000497389 3337 ntBASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RAG2-209ENST00000618712 2818 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.64□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SOS1-203ENST00000426016 8517 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 KIAA0586-202ENST00000354386 5226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CNTN5-209ENST00000528682 3800 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ETV1-205ENST00000405192 4402 ntTSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AGBL2-201ENST00000357610 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 OR10D3-202ENST00000641351 3561 ntAPPRIS P1 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CRISP3-204ENST00000433368 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.7-201ENST00000362352 102 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-50P-201ENST00000362356 103 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU1-20P-201ENST00000363314 162 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP515-201ENST00000364570 118 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-793P-201ENST00000384233 104 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.488-201ENST00000384403 102 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR607-201ENST00000385241 96 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU2-2P-201ENST00000410396 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ELOCP21-201ENST00000412558 336 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 IFT74-AS1-201ENST00000456198 405 ntTSL 2 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LINC02017-201ENST00000496829 474 ntTSL 3 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SNORA31.16-201ENST00000516773 139 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MTND6P33-201ENST00000571794 183 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU2-4P-201ENST00000606190 192 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.15-201ENST00000611544 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.16-201ENST00000613119 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.12-201ENST00000613778 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.9-201ENST00000615427 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.11-201ENST00000616345 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.2-201ENST00000616535 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.3-201ENST00000617785 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.19-201ENST00000618602 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU2-1-201ENST00000618664 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.6-201ENST00000619225 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.5-201ENST00000619465 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 U2.10-201ENST00000620268 191 ntBASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC046195.1-201ENST00000518973 4171 ntTSL 2 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PTPN22-202ENST00000420377 2726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CCNT2-201ENST00000264157 6917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ARHGAP21-218ENST00000636789 4210 ntTSL 2 BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SELENOI-201ENST00000260585 8101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LATS1-201ENST00000253339 4256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 GABPB1-AS1-202ENST00000499624 16182 ntTSL 1 (best) BASIC4.63□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MTX3-203ENST00000512560 4799 ntTSL 2 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ADAM7-201ENST00000175238 3367 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SYTL2-203ENST00000359152 4123 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LINC01938-201ENST00000521341 1864 ntTSL 2 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ADGRL3-215ENST00000512091 12636 ntTSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ZNF254-202ENST00000357002 3967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 OR56A3-205ENST00000641905 4595 ntAPPRIS P1 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 OR52E4-202ENST00000641726 2947 ntAPPRIS P1 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.238-201ENST00000364441 102 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-312P-201ENST00000364629 107 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 Y_RNA.400-201ENST00000383963 111 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-1310P-201ENST00000384153 107 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-417P-201ENST00000384712 107 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SNORA26.3-201ENST00000391119 136 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MIR1193-201ENST00000408109 78 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP390-201ENST00000410191 113 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNA5SP129-201ENST00000410276 118 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LINC01341-201ENST00000419361 552 ntTSL 2 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 HMGN2P10-201ENST00000448085 265 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU5F-8P-201ENST00000515941 111 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RNU6-928P-201ENST00000516876 104 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SUMO2P18-201ENST00000518873 252 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 MRPL49P2-201ENST00000521066 465 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 CARD18-203ENST00000532895 422 ntTSL 2 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 TRAV8-5-201ENST00000537369 341 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC021739.1-201ENST00000559631 174 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC113403.1-201ENST00000604910 193 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ARF4P1-201ENST00000605447 541 ntBASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 UTP20-201ENST00000261637 9025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 RPAP2-203ENST00000610020 16993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 C12orf4-201ENST00000261250 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 PLCB4-206ENST00000414679 3947 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.62□□□□□ -1.67
USP4Q13107 LRIT3-202ENST00000594814 3566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 AC073073.2-201ENST00000609827 2578 ntBASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 ANO3-204ENST00000531568 3117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.61□□□□□ -1.67
USP4Q13107 SLCO1B1-201ENST00000256958 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.67
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