Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SCN3AQ9NY46 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms