Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms