Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC026116.1-201ENST00000551729 474 ntTSL 3 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC136624.4-201ENST00000573044 370 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FTX_3.1-201ENST00000610451 147 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC073349.3-201ENST00000617616 186 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 U3.53-201ENST00000628922 216 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RUVBL2-213ENST00000639391 120 ntTSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MAPK10-206ENST00000395161 4186 ntTSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PTPN22-203ENST00000460620 1794 ntTSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF137P-201ENST00000456718 1920 ntBASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 GHR-213ENST00000622294 4312 ntTSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 OR10Z1-202ENST00000641002 6323 ntAPPRIS P1 BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ORC4-202ENST00000392857 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.85□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MCF2-202ENST00000370573 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF562-201ENST00000293648 12380 ntTSL 2 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FILIP1L-209ENST00000487087 2321 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SLC5A12-202ENST00000396005 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CNTN5-212ENST00000619298 5734 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNA5SP447-201ENST00000363749 119 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.230-201ENST00000364348 109 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.331-201ENST00000365267 102 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.398-201ENST00000383952 99 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL23AP36-201ENST00000413895 458 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL732292.1-201ENST00000426692 226 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC110995.1-201ENST00000444185 628 ntTSL 3 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC010469.1-201ENST00000463864 576 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC108751.2-201ENST00000469993 231 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 APOA2-207ENST00000470459 416 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 LNX1-AS1-202ENST00000510785 550 ntTSL 2 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 VWA8P1-201ENST00000510889 176 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC090281.1-201ENST00000523019 276 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PARP1P2-201ENST00000556806 195 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL138963.2-201ENST00000605137 226 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC005828.6-201ENST00000606610 232 ntBASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CENPE-208ENST00000611174 8260 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PCDH15-211ENST00000395440 3177 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 TCEANC-201ENST00000380600 2988 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MSTN-201ENST00000260950 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 LRRIQ3-204ENST00000395089 2673 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SLAIN1-203ENST00000351546 2394 ntTSL 2 BASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CENPI-201ENST00000372926 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 TFPI-201ENST00000233156 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 Z73965.1-201ENST00000623412 2297 ntBASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SCN3A-202ENST00000360093 9123 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 EXOC1-202ENST00000349598 3248 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC4.84□□□□□ -1.64
USP4Q13107 TAX1BP1-202ENST00000396319 2892 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PTPRD-203ENST00000381196 9911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AK9-201ENST00000285397 2566 ntTSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC016687.3-202ENST00000505018 2404 ntTSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PDE10A-201ENST00000366882 8233 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 DCN-201ENST00000052754 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CASC1-203ENST00000395987 2363 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ZNF28-203ENST00000438150 5171 ntTSL 2 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CYLD-212ENST00000568704 3292 ntTSL 5 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SUPT16HP1-201ENST00000537175 3133 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 Y_RNA.136-201ENST00000363444 102 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-81P-201ENST00000365608 104 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNORA46.1-201ENST00000391069 153 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-1135P-201ENST00000411083 103 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPL23AP95-201ENST00000426806 265 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 GPM6BP3-201ENST00000442797 145 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC007395.1-201ENST00000451333 677 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 COX7A2-205ENST00000460985 357 ntTSL 2 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC097462.2-201ENST00000504623 481 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC025741.1-201ENST00000506100 544 ntTSL 4 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNORA40.9-201ENST00000515895 93 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-1219P-201ENST00000516143 112 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC107886.1-201ENST00000526935 516 ntTSL 3 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC099793.1-201ENST00000567538 285 ntTSL 3 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC005176.2-201ENST00000596933 147 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL356157.2-201ENST00000605122 111 ntBASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL109837.2-201ENST00000632608 295 ntTSL 3 BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 FAM204A-203ENST00000369183 13889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ATP7A-201ENST00000341514 8483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.64
USP4Q13107 DCDC1-211ENST00000597505 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 FOXP2-207ENST00000393494 2664 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 POU2F1-206ENST00000429375 13651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ASB5-201ENST00000296525 3031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AK9-202ENST00000355283 2499 ntTSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 DOCK7-211ENST00000634264 6303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PPP1R9A-207ENST00000433881 9928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPS6KA6-204ENST00000620340 8169 ntTSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 IQGAP2-204ENST00000502745 3404 ntTSL 2 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-137P-201ENST00000363680 108 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR544A-201ENST00000384855 91 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-1197P-201ENST00000391183 107 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC074117.2-201ENST00000417130 397 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 IGKV1OR9-2-201ENST00000431378 277 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL512844.2-201ENST00000433990 593 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL442638.1-201ENST00000443359 237 ntTSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNORD2.1-201ENST00000458762 69 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC012081.1-201ENST00000462382 477 ntTSL 3 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 TRAPPC2P7-201ENST00000509650 231 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RN7SKP122-201ENST00000515923 296 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-1198P-201ENST00000516904 67 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 DEFB131B-201ENST00000530210 213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC016256.1-201ENST00000547971 354 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 HSPE1P4-201ENST00000550617 308 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL133383.1-201ENST00000569292 901 ntTSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR4308-201ENST00000580634 81 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 IGKV2OR2-2-201ENST00000605025 300 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
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