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| RUNX3 | Q13761 | AP002360.4-201 | ENST00000606980 | 481 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009570.1-201 | ENST00000609599 | 745 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC046143.2-201 | ENST00000609789 | 160 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359880.1-201 | ENST00000621879 | 266 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR7843-201 | ENST00000622274 | 79 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PICALM-209 | ENST00000528398 | 2049 nt | TSL 2 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC4A7-201 | ENST00000295736 | 7757 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SENP7-204 | ENST00000394085 | 1483 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DENND4A-202 | ENST00000443035 | 8665 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRKD3-201 | ENST00000234179 | 5900 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TXLNGY-201 | ENST00000253320 | 7299 nt | TSL 2 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC25A46-206 | ENST00000509432 | 1596 nt | TSL 2 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ROCK2-203 | ENST00000401753 | 4017 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PCM1-222 | ENST00000524226 | 5955 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4G2P-201 | ENST00000328113 | 903 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.6-201 | ENST00000362350 | 114 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1197P-201 | ENST00000391183 | 107 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | GPR143P-201 | ENST00000434155 | 205 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTATP6P16-201 | ENST00000434543 | 526 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC002486.1-201 | ENST00000435098 | 391 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC018693.1-201 | ENST00000442829 | 550 nt | TSL 4 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U91324.1-201 | ENST00000442864 | 447 nt | TSL 5 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | FDX1P2-201 | ENST00000450769 | 375 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND2P24-201 | ENST00000453434 | 806 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096666.1-201 | ENST00000454965 | 348 nt | TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445465.2-201 | ENST00000455530 | 461 nt | TSL 2 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00430-201 | ENST00000457672 | 597 nt | TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS20P22-201 | ENST00000473700 | 357 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL627309.4-201 | ENST00000496488 | 457 nt | TSL 5 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CSN1S2AP-204 | ENST00000512167 | 671 nt | TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-314P-201 | ENST00000516574 | 104 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1092P-201 | ENST00000516955 | 87 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001804.3-201 | ENST00000525146 | 880 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP006587.4-201 | ENST00000526053 | 529 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096558.2-201 | ENST00000546678 | 506 nt | TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008083.1-201 | ENST00000547748 | 663 nt | TSL 2 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445074.1-201 | ENST00000555362 | 318 nt | TSL 2 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP005062.1-201 | ENST00000581502 | 607 nt | TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012119.1-201 | ENST00000603184 | 222 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Z84480.1-201 | ENST00000605131 | 311 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090517.2-201 | ENST00000614966 | 680 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093648.1-201 | ENST00000623546 | 606 nt | BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | APC-201 | ENST00000257430 | 10701 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM184A-202 | ENST00000352896 | 3700 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FBXO11-201 | ENST00000402508 | 3844 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AGTR1-206 | ENST00000474935 | 1795 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.49 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-960P-201 | ENST00000364056 | 120 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-108P-201 | ENST00000365558 | 107 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU1-73P-201 | ENST00000383971 | 164 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-701P-201 | ENST00000384059 | 107 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR504-201 | ENST00000385065 | 83 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FGFR1OP2P1-201 | ENST00000395943 | 500 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD88.1-201 | ENST00000408684 | 91 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-9P-201 | ENST00000410194 | 145 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1077P-201 | ENST00000410506 | 102 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATG3P1-201 | ENST00000419507 | 911 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005062.1-206 | ENST00000424516 | 710 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353612.1-201 | ENST00000428769 | 465 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL138900.2-201 | ENST00000434098 | 156 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099566.1-201 | ENST00000442558 | 479 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009237.8-201 | ENST00000445492 | 379 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015983.2-201 | ENST00000446053 | 472 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL23AP11-201 | ENST00000475260 | 469 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL30P5-201 | ENST00000494923 | 336 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025475.1-201 | ENST00000512939 | 487 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PANCR-202 | ENST00000513690 | 448 nt | TSL 2 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-927P-201 | ENST00000516199 | 100 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-51P-201 | ENST00000516560 | 62 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP003465.1-201 | ENST00000520575 | 382 nt | TSL 2 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC060765.1-201 | ENST00000522776 | 544 nt | TSL 4 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001893.2-201 | ENST00000526949 | 202 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC023796.2-201 | ENST00000545410 | 451 nt | TSL 3 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC024619.4-201 | ENST00000580924 | 316 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC068831.7-201 | ENST00000616954 | 363 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4C16-201 | ENST00000623907 | 933 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1291-201 | ENST00000627649 | 87 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEPT14P19-203 | ENST00000633205 | 211 nt | BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MINDY3-202 | ENST00000378036 | 2452 nt | TSL 2 BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TPTE2-203 | ENST00000390680 | 1558 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.48 | □□□□□ -2.01 | | |