Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RFX3-203ENST00000381984 364 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-1286P-201ENST00000383871 107 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORA70F-201ENST00000384142 135 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-21P-201ENST00000384710 107 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR153-2-201ENST00000385225 87 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 U3.37-201ENST00000408528 213 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.590-201ENST00000410140 107 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LINC01349-201ENST00000416343 497 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL135923.2-201ENST00000435444 501 ntTSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL451050.1-201ENST00000450126 415 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC010974.1-201ENST00000450509 374 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 snoU13.4-201ENST00000458916 104 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RN7SL517P-201ENST00000462240 305 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR1302-2HG-201ENST00000469289 535 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL31P13-201ENST00000484151 370 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MRPL42P6-201ENST00000486397 371 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC073073.1-201ENST00000493920 463 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.662-201ENST00000516028 97 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORA31.8-201ENST00000516327 108 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU7-110P-201ENST00000516891 62 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC006206.2-202ENST00000537714 648 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LINC02327-203ENST00000550122 738 ntTSL 2 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC133555.2-201ENST00000550213 292 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LINC02326-201ENST00000552028 540 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC104002.1-201ENST00000557025 380 ntTSL 3 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL21P7-201ENST00000557463 483 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TRAV28-201ENST00000557548 323 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR5699-201ENST00000578903 90 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNX18P1Y-201ENST00000616231 511 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 CCT7-217ENST00000626868 249 ntTSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MRPL50-201ENST00000374865 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SYT14-204ENST00000472886 2966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ADGRL2-204ENST00000370715 5585 ntTSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 KRTAP24-1-201ENST00000340345 1650 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 PTPN13-209ENST00000511467 8076 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ETV1-203ENST00000403527 3363 ntTSL 1 (best) BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 PCDH15-209ENST00000395433 6942 ntTSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL356489.2-201ENST00000566968 3528 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC126755.2-208ENST00000327792 462 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC138969.1-213ENST00000331436 462 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNA5SP361-201ENST00000362686 118 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 EIF4EBP2P3-201ENST00000403144 334 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL158837.1-201ENST00000417644 452 ntTSL 2 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC068287.1-201ENST00000430283 295 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ATP6V0E1P2-201ENST00000441771 245 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL031659.1-201ENST00000447075 539 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TPT1P12-201ENST00000448968 492 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 FO393401.1-201ENST00000453914 600 ntTSL 3 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 UBE2CP3-201ENST00000502715 450 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-346P-201ENST00000516288 111 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.719-201ENST00000517156 106 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC027801.4-201ENST00000518420 395 ntTSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC103726.1-201ENST00000520785 474 ntTSL 2 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC005868.1-201ENST00000536421 331 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC244502.1-203ENST00000541008 576 ntTSL 4 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC105129.1-201ENST00000560250 297 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL121932.1-201ENST00000605542 214 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC004832.4-201ENST00000608952 331 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 PSMD5-AS1-215ENST00000640622 205 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 CMYA5-201ENST00000446378 12847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SEL1L2-201ENST00000284951 2224 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 KCNU1-201ENST00000399881 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 POU2F1-202ENST00000367862 14038 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL079305.1-201ENST00000623159 3008 ntBASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 XIRP2-207ENST00000628543 12182 ntTSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MPHOSPH9-211ENST00000541076 6136 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.98□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RANBP6-201ENST00000259569 4576 ntAPPRIS P1 BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MCMDC2-207ENST00000492775 1831 ntTSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RGS5-201ENST00000313961 5862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ZNF700-202ENST00000482090 3113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 NAIP-210ENST00000523981 4543 ntTSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 KATNAL1-201ENST00000380615 7551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ATP8B4-211ENST00000559829 4894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 CNTN6-205ENST00000446702 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 DEFB131A-201ENST00000334879 213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORA25.1-201ENST00000362326 128 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNA5SP213-201ENST00000391031 106 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU1-139P-201ENST00000391307 165 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU2-61P-201ENST00000411069 191 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL18P10-201ENST00000425606 538 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 NUTF2P3-201ENST00000448540 384 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC087477.1-201ENST00000465747 340 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AF186996.7-201ENST00000492781 209 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC091868.1-201ENST00000508746 304 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-1114P-201ENST00000516022 107 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL23AP53-201ENST00000521854 457 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC012409.1-201ENST00000560176 358 ntTSL 3 BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR4284-201ENST00000578924 81 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC024153.1-201ENST00000603103 365 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 UBE2Q2P6-201ENST00000612666 153 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC005296.1-201ENST00000616145 209 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC243585.1-201ENST00000617867 607 ntTSL 3 BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AP000542.2-201ENST00000623199 6179 ntBASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 UBE4A-202ENST00000431736 6061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TOX-201ENST00000361421 4131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 DICER1-212ENST00000541352 5621 ntTSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LUZP2-207ENST00000533227 5016 ntTSL 1 (best) BASIC4.97□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RBMS3-205ENST00000434693 8540 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TMEM68-202ENST00000434581 2549 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.61
USP4Q13107 FAM133A-202ENST00000332647 3159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.96□□□□□ -1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.6 ms