Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS54Q9P1Q0 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms