Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL139260.1-202ENST00000456813 441 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 LINC02173-201ENST00000504132 521 ntTSL 2 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC108935.1-201ENST00000504874 518 ntTSL 2 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 COX7A2P2-201ENST00000505291 250 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 HMGB1P28-201ENST00000507778 552 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC093281.2-201ENST00000510153 597 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 OR5BM1P-201ENST00000512021 366 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC091965.2-201ENST00000512324 613 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 OCIAD1-AS1-201ENST00000513576 265 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC022483.1-201ENST00000514020 567 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNA5SP182-201ENST00000516064 82 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC109466.1-211ENST00000519327 496 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 XIRP2-AS1-201ENST00000525330 776 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC079907.1-201ENST00000552707 374 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 LINC02309-201ENST00000553679 207 ntTSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC110588.1-201ENST00000559699 137 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 NR2F2-AS1-208ENST00000560395 441 ntTSL 5 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MTCYBP33-201ENST00000575007 1130 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC015813.2-201ENST00000578794 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNASEH2B-AS1-202ENST00000593369 648 ntTSL 5 BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL031176.1-201ENST00000604554 466 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC105129.3-201ENST00000605455 485 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC004492.1-201ENST00000607036 742 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC011890.2-201ENST00000613393 294 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 ST7-OT4_4.1-201ENST00000614993 213 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 PCMTD1P7-201ENST00000634506 357 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC110079.1-202ENST00000635213 138 ntBASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 CD44-239ENST00000639002 528 ntTSL 1 (best) BASIC2.29□□□□□ -2.04
SHHQ15465 OR6C75-201ENST00000343399 939 ntAPPRIS P1 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 Y_RNA.41-201ENST00000362646 102 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNY1P10-201ENST00000363268 113 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNU6-931P-201ENST00000363850 107 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNU4-24P-201ENST00000364565 139 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNU6-343P-201ENST00000364709 104 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNU6-621P-201ENST00000364752 109 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 Y_RNA.311-201ENST00000365068 96 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 Y_RNA.548-201ENST00000384656 105 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MIR135A2-201ENST00000384854 100 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 DHFRP6-201ENST00000401776 268 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 HMGB1P17-201ENST00000403495 628 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MTCYBP36-201ENST00000404146 440 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RNA5SP270-201ENST00000411361 118 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC004870.3-202ENST00000412996 432 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 GS1-594A7.3-201ENST00000421585 574 ntTSL 2 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 LINC00397-201ENST00000422074 344 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 USP9YP14-201ENST00000430663 563 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC024082.2-201ENST00000434771 238 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL122017.1-201ENST00000435858 784 ntTSL 2 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MTND4P6-201ENST00000438297 472 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 UPP2-IT1-201ENST00000439185 357 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC004485.1-201ENST00000439839 527 ntTSL 5 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 TPT1P7-201ENST00000458300 517 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MTND4LP3-201ENST00000468320 276 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 HMGB1P36-201ENST00000487709 576 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RPL23AP63-201ENST00000498752 471 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RAC1P5-201ENST00000512182 576 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 TBCAP3-201ENST00000512475 312 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC090833.1-201ENST00000513853 806 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC023200.1-201ENST00000519660 651 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 CASP1P1-201ENST00000526345 212 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC007450.1-201ENST00000536492 188 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC069228.1-202ENST00000550272 737 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AMZ2P1-203ENST00000565833 850 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC006362.1-201ENST00000567392 174 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AGGF1P4-201ENST00000568249 801 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC012146.1-204ENST00000570712 426 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 ISCA1P3-201ENST00000577104 373 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC012213.3-201ENST00000577199 777 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MIR4446-201ENST00000578505 67 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 ZNF788-206ENST00000596883 692 ntTSL 3 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL356575.1-201ENST00000603008 283 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL359821.1-201ENST00000605519 182 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 RN7SKP299-201ENST00000606679 301 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC098614.4-201ENST00000607601 462 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL031667.3-201ENST00000620124 655 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AL356596.1-201ENST00000624230 379 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC098679.4-201ENST00000624241 654 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 AC120349.2-201ENST00000625002 298 ntBASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 C1orf141-202ENST00000371006 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MS4A14-202ENST00000395001 3401 ntTSL 5 BASIC2.28□□□□□ -2.04
SHHQ15465 MTND4P5-201ENST00000435821 1374 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 SNRPEP3-201ENST00000338402 276 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 DEFB108C-201ENST00000400154 252 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AC009480.1-201ENST00000402410 412 ntTSL 3 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AL031577.2-201ENST00000404133 280 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AL359081.1-201ENST00000432083 615 ntTSL 2 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 LINC01797-202ENST00000433432 765 ntTSL 3 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 MTND2P20-201ENST00000440805 661 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 USP9YP29-201ENST00000445112 563 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 VN1R10P-201ENST00000447106 875 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 ELOCP30-201ENST00000447108 299 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 RPL18AP17-201ENST00000455326 198 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 CHRM3-AS2-203ENST00000458325 895 ntTSL 2 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AL049714.1-201ENST00000466686 347 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AC108752.1-203ENST00000496674 339 ntTSL 5 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 LINC02447-203ENST00000504402 292 ntTSL 3 BASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AC010424.1-201ENST00000506336 297 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AP003033.1-201ENST00000527244 415 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AP001189.2-201ENST00000527320 189 ntBASIC2.27□□□□□ -2.05
SHHQ15465 AC093025.1-201ENST00000547795 569 ntTSL 2 BASIC2.27□□□□□ -2.05
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