Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TDRD3-204ENST00000377894 2484 ntTSL 2 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 POF1B-201ENST00000262753 3941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ATP13A4-203ENST00000392443 4016 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SFT2D2-201ENST00000271375 11040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 UNC80-203ENST00000439458 13562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DCLK1-204ENST00000379893 4612 ntTSL 2 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC107027.3-201ENST00000565095 3473 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL391987.6-201ENST00000305671 199 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC007685.1-201ENST00000329806 452 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.29-201ENST00000362570 113 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.65-201ENST00000362846 100 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RN7SKP103-201ENST00000363848 320 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.180-201ENST00000363867 113 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR301A-201ENST00000385261 86 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TRAV23DV6-201ENST00000390451 409 ntAPPRIS P1 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNA5SP494-201ENST00000410653 129 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU2-71P-201ENST00000411395 189 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC093151.3-203ENST00000422305 514 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL450992.2-201ENST00000434182 506 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Z83839.2-201ENST00000436294 274 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 KNOP1P3-201ENST00000446933 426 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL359073.1-201ENST00000448036 403 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RPL29P29-201ENST00000448725 423 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL592431.1-201ENST00000451090 317 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LINC01753-201ENST00000458145 631 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TPPP2-202ENST00000460647 568 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC097484.1-201ENST00000471148 389 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC008243.1-201ENST00000504955 389 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LINC02438-201ENST00000505347 641 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC011389.1-201ENST00000509170 594 ntTSL 4 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC007016.1-201ENST00000512110 244 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNA5SP471-201ENST00000516971 106 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-1315P-201ENST00000517187 99 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC091564.3-201ENST00000527398 429 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC008250.1-201ENST00000539874 522 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL359237.1-202ENST00000556168 487 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 NUDT7-203ENST00000563839 316 ntTSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RN7SL290P-201ENST00000578661 300 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC018695.3-201ENST00000602617 408 ntTSL 2 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC108738.1-201ENST00000603703 237 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC004792.1-201ENST00000614523 137 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC087632.1-216ENST00000625619 487 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 NUP35-201ENST00000295119 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 NSD1-202ENST00000354179 12195 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 HERC1-201ENST00000443617 15137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 VPS13C-204ENST00000395898 11012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 GPATCH2L-214ENST00000621494 12396 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC005332.5-201ENST00000591222 2919 ntBASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DAZ1-206ENST00000620725 1891 ntTSL 5 BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 BICRAL-201ENST00000314073 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CDC42BPA-204ENST00000366767 9320 ntTSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DTNA-229ENST00000598142 2509 ntTSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ADAM18-201ENST00000265707 2388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-280P-201ENST00000364145 104 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR153-1-201ENST00000384914 90 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR600-201ENST00000385007 98 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNA5SP241-201ENST00000391326 114 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DEFB113-201ENST00000398718 249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL078599.1-201ENST00000402075 293 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR1182-201ENST00000408363 97 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC119751.6-201ENST00000416712 186 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 C6orf52-203ENST00000426700 493 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MTATP6P4-201ENST00000427725 675 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 C4BPAP2-201ENST00000428434 478 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL353680.1-201ENST00000433788 337 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC011897.1-201ENST00000450715 346 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ENPP7P11-201ENST00000505915 627 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 IGKV2-23-201ENST00000518729 323 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC021242.2-201ENST00000522765 454 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC007948.1-201ENST00000581632 242 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC007922.3-201ENST00000581648 543 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC107926.1-201ENST00000581673 621 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC022706.1-202ENST00000585387 540 ntTSL 3 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL590235.2-201ENST00000602641 632 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC093799.2-201ENST00000610062 578 ntBASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL138828.1-201ENST00000626414 291 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SP110-202ENST00000258382 2080 ntTSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 OR10A3-202ENST00000642047 2650 ntAPPRIS P1 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 PRKAA1-204ENST00000397128 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 USF3-202ENST00000478658 8461 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 GHR-209ENST00000612626 4524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL158835.1-203ENST00000415305 3149 ntTSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 GALNT11-203ENST00000422997 2371 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SSR1-202ENST00000397511 3248 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 C2CD6-202ENST00000439140 5512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.54
USP4Q13107 STAG2-203ENST00000371145 4393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ZNF883-201ENST00000619044 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 WDR63-201ENST00000294664 2995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ZEB1-208ENST00000542815 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SMG1P4-204ENST00000523028 4131 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LCA5L-218ENST00000485895 2551 ntTSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CACNB4-243ENST00000637217 8188 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MCM9-209ENST00000619706 4822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SNX10-209ENST00000619420 2361 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RASA1-205ENST00000512763 3060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MAX-203ENST00000341653 330 ntTSL 2 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 FHIT-201ENST00000341848 174 ntTSL 3 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNA5SP52-201ENST00000362448 134 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.270-201ENST00000364693 104 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SNORA51.8-201ENST00000384234 132 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
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