Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 OR13G1-202ENST00000642119 2568 ntAPPRIS P1 BASIC2.58□□□□□ -2
SHHQ15465 FAR1-204ENST00000532502 5820 ntTSL 2 BASIC2.58□□□□□ -2
SHHQ15465 TRAPPC13-208ENST00000505553 1410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.58□□□□□ -2
SHHQ15465 PCDH11Y-201ENST00000215473 4595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC011460.1-201ENST00000636268 1834 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 CCDC169-201ENST00000239859 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RNU1-17P-201ENST00000363022 152 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 CCDC169-203ENST00000379862 624 ntTSL 5 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 HTN3-201ENST00000381057 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 TRAV24-201ENST00000390453 343 ntAPPRIS P1 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RNU6-712P-201ENST00000410558 100 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RNU6-575P-201ENST00000411326 105 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RPS7P9-201ENST00000414704 586 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 LANCL1-AS1-202ENST00000420418 476 ntTSL 3 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AL136322.1-201ENST00000422250 548 ntTSL 4 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC010099.3-201ENST00000423896 409 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC009414.1-201ENST00000427200 443 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 SAR1AP4-201ENST00000429225 591 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 USP9YP24-201ENST00000434374 697 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 PTGES3P1-201ENST00000439531 483 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RABEPKP1-201ENST00000440529 1026 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AL118523.1-201ENST00000444436 480 ntTSL 3 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 USP9YP17-201ENST00000444617 696 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 PTENP1-201ENST00000447117 1215 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 Z73417.1-201ENST00000447373 778 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC092162.2-204ENST00000451851 566 ntTSL 4 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 GSTA11P-201ENST00000452866 669 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC072039.1-201ENST00000477611 581 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AP004217.1-201ENST00000480579 346 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RPL36AP51-201ENST00000487216 318 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC104090.1-201ENST00000506341 1171 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC021146.8-201ENST00000507455 733 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC098799.2-201ENST00000509466 868 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 HSPE1P23-201ENST00000509838 286 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 LINC02100-201ENST00000512978 238 ntTSL 3 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RNU6-295P-201ENST00000516901 104 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 ZNF436-AS1-205ENST00000518600 376 ntTSL 5 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AP000790.1-201ENST00000528891 737 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 ZNF705CP-201ENST00000530515 889 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC107882.1-201ENST00000530837 477 ntTSL 3 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 RAP1B-224ENST00000541216 701 ntTSL 1 (best) BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 REXO2-218ENST00000544827 880 ntTSL 3 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC146944.4-201ENST00000602697 718 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AL020997.3-201ENST00000602843 359 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC097478.2-201ENST00000610572 514 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC006329.2-201ENST00000611491 394 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC002076.2-201ENST00000617362 122 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AP000484.1-201ENST00000620067 1252 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 MIR6733-201ENST00000635723 61 ntBASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 AC073130.1-201ENST00000457033 1958 ntTSL 2 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 LIPJ-201ENST00000371939 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 LINC01419-201ENST00000522365 1521 ntTSL 1 (best) BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 TSLP-202ENST00000379706 2411 ntTSL 1 (best) BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 TPTE2-202ENST00000382978 1677 ntTSL 5 BASIC2.57□□□□□ -2
SHHQ15465 ZNF280D-204ENST00000558320 3666 ntTSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 ALG6-201ENST00000263440 1895 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SLITRK6-201ENST00000400286 4318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 HERC4-201ENST00000277817 4371 ntTSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 C1D-201ENST00000355848 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 GABRG2-209ENST00000638660 3799 ntTSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 UBE2Q2P1-202ENST00000354771 883 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 RNU4-68P-201ENST00000364314 141 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 Y_RNA.269-201ENST00000364685 89 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SNORA80E-201ENST00000384744 137 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 Y_RNA.578-201ENST00000390903 88 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 RNA5SP210-201ENST00000391034 120 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AL023807.1-201ENST00000407932 359 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 MOB4-205ENST00000409916 829 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC009518.2-201ENST00000418056 731 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC104653.1-201ENST00000420579 578 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC004946.1-201ENST00000421825 751 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC013401.1-202ENST00000422017 626 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 ZRANB2-AS2-204ENST00000430605 213 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 VN1R108P-201ENST00000431580 830 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC006333.1-202ENST00000440504 555 ntTSL 4 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 RPL23AP16-201ENST00000441715 421 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AF127577.1-201ENST00000446301 562 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SPANXN4-202ENST00000446864 431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 COX6CP18-201ENST00000448769 222 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AL445669.2-201ENST00000454425 421 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 snoU109.4-201ENST00000458953 143 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC010486.2-201ENST00000505572 483 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC091860.1-201ENST00000505723 432 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC118282.2-201ENST00000508739 374 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC126768.3-201ENST00000514519 560 ntTSL 4 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SNORA31.1-201ENST00000515993 133 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SNORA31.5-201ENST00000516190 133 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC108515.1-201ENST00000517407 525 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC011586.1-201ENST00000521055 458 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 CTAGE1-202ENST00000525417 1267 ntAPPRIS ALT2 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC022690.1-201ENST00000526681 550 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 C11orf1-204ENST00000530214 599 ntTSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 CCDC179-202ENST00000532798 791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC092747.1-201ENST00000538920 351 ntTSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC026765.1-201ENST00000547876 435 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AL163973.2-201ENST00000548096 288 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 SETP2-201ENST00000553886 926 ntBASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AL135746.1-201ENST00000554205 547 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC104002.1-201ENST00000557025 380 ntTSL 3 BASIC2.56□□□□□ -2
SHHQ15465 AC012170.3-201ENST00000560159 297 ntTSL 2 BASIC2.56□□□□□ -2
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