Protein–RNA interactions for Protein: Q9D0R4

Ddx56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 546 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx56Q9D0R4 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Ddx56Q9D0R4 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Ddx56Q9D0R4 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Ddx56Q9D0R4 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ddx56Q9D0R4 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Ddx56Q9D0R4 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ddx56Q9D0R4 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddx56Q9D0R4 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddx56Q9D0R4 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Ddx56Q9D0R4 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms