Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQE8

RTRAF, RNA transcription, translation and transport factor protein, mousemouse

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTRAFQ9CQE8 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Slc12a2-201ENSMUST00000115366 6520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
RTRAFQ9CQE8 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
RTRAFQ9CQE8 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
RTRAFQ9CQE8 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
RTRAFQ9CQE8 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RTRAFQ9CQE8 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms