Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Col6a1Q04857 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col6a1Q04857 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Col6a1Q04857 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col6a1Q04857 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 122.1 ms