Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC109466.1-204ENST00000519570 717 ntTSL 3 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC124290.1-202ENST00000523342 387 ntTSL 3 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AP003072.1-201ENST00000531740 145 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC022882.1-201ENST00000532142 501 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AP000763.2-201ENST00000540641 163 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC010197.1-201ENST00000541860 578 ntTSL 4 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL121821.2-201ENST00000556081 394 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC068397.1-201ENST00000560337 531 ntTSL 2 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC023575.1-201ENST00000580510 358 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC104763.2-201ENST00000604179 382 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC009570.1-201ENST00000609599 745 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL513314.2-204ENST00000619187 459 ntTSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AP001273.1-201ENST00000624493 3152 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 OR10D3-203ENST00000641546 3566 ntAPPRIS P1 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SPEF2-216ENST00000637569 7350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 CENPE-208ENST00000611174 8260 ntTSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 CYP3A7-CYP3A51P-201ENST00000611620 1608 ntTSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SRRM1-203ENST00000447431 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 ZNF207-203ENST00000394670 13781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 Z73965.1-201ENST00000623412 2297 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 PTPRD-203ENST00000381196 9911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 TNP2-201ENST00000312693 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 Y_RNA.138-201ENST00000363462 102 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6-190P-201ENST00000384154 102 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6-692P-201ENST00000384496 107 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6-14P-201ENST00000384630 106 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SNORA48.7-201ENST00000391302 135 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 MIR548K-201ENST00000408406 116 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 VN1R36P-201ENST00000414936 291 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC140479.3-201ENST00000418944 1126 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RPEP3-201ENST00000425462 676 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC104058.1-201ENST00000448028 297 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL356859.1-201ENST00000449180 414 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL162591.2-201ENST00000449634 317 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL353148.1-201ENST00000449761 463 ntTSL 2 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 FO393401.1-201ENST00000453914 600 ntTSL 3 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC079168.2-201ENST00000453977 416 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC010618.1-201ENST00000469924 477 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 TRBV1-201ENST00000476502 284 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 HMGB3P16-201ENST00000508037 287 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 LIAS-206ENST00000513731 826 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SNORA31.3-201ENST00000516029 96 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6-189P-201ENST00000516120 101 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 Y_RNA.682-201ENST00000516457 100 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC002428.2-201ENST00000522973 414 ntTSL 3 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC008489.1-201ENST00000524271 483 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC022081.1-201ENST00000537327 433 ntTSL 2 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL133371.2-201ENST00000556624 294 ntTSL 3 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 FRG2DP-202ENST00000566967 323 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AP001496.1-201ENST00000579113 471 ntTSL 4 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC069061.3-201ENST00000582254 823 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RN7SL435P-201ENST00000584418 282 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 BNIP3P22-201ENST00000593399 556 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC104662.1-201ENST00000604448 511 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 IGKV2OR2-2-201ENST00000605025 300 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL670379.4-201ENST00000605279 254 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC079610.3-201ENST00000606960 147 ntTSL 3 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 MIR6716-201ENST00000613413 80 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC092683.2-203ENST00000618807 788 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC007546.1-201ENST00000619452 559 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC015871.5-202ENST00000623252 701 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SMAD4-202ENST00000398417 8495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 GPBP1-204ENST00000506184 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 GABRG2-214ENST00000639111 11735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 LINC00276-202ENST00000418420 3503 ntTSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 KANSL1L-209ENST00000457374 2264 ntTSL 2 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 CACNB4-273ENST00000638091 4061 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 LINC00158-201ENST00000332587 1476 ntTSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 ZNF736P3Y-201ENST00000428264 1465 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL136164.3-201ENST00000624429 3978 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC126323.6-202ENST00000568092 3511 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 DCN-201ENST00000052754 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL672167.1-204ENST00000641875 3017 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 USP8-202ENST00000396444 19026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 TMEM106B-201ENST00000396667 12539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RPL26-201ENST00000293842 524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 OR10A7-201ENST00000326258 951 ntAPPRIS P1 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 Y_RNA.259-201ENST00000364619 101 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 TEX35-202ENST00000367639 785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 S100A12-201ENST00000368737 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 LGI1-201ENST00000371413 1247 ntTSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6-1297P-201ENST00000384415 104 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 TRAV26-1-201ENST00000390455 537 ntAPPRIS P1 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 SNORA57.1-201ENST00000391227 145 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RNU6ATAC16P-201ENST00000408591 138 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 ELOCP19-201ENST00000411919 318 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC007349.1-201ENST00000419326 587 ntTSL 4 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AJ239322.2-201ENST00000421696 575 ntTSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 ACTR3BP6-201ENST00000422332 1241 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 EIF4HP2-201ENST00000424380 563 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AL732292.1-201ENST00000426692 226 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 MTATP6P4-201ENST00000427725 675 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 RPS3AP52-201ENST00000435639 297 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC004837.2-201ENST00000435766 731 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC062032.1-201ENST00000436245 355 ntTSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 MACC1-AS1-201ENST00000439285 639 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 H2AFZP5-201ENST00000446960 382 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 LINC01564-201ENST00000448327 566 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 AC034195.1-202ENST00000451031 610 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP53Q70EK8 GAS5-223ENST00000452197 483 ntTSL 3 BASIC4.55□□□□□ -1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.1 ms