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| FOXE3 | Q13461 | AC055839.1-201 | ENST00000634467 | 498 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | GPBP1-205 | ENST00000511209 | 2243 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LRRC77P-206 | ENST00000481578 | 2350 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SLC24A2-202 | ENST00000341998 | 10749 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PPP1R9A-207 | ENST00000433881 | 9928 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | HEATR5A-203 | ENST00000543095 | 7840 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | STAG2-203 | ENST00000371145 | 4393 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FAM46D-202 | ENST00000538312 | 3106 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | EEF1A1-210 | ENST00000610520 | 3447 nt | TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ZNF845-201 | ENST00000458035 | 4311 nt | APPRIS P1 TSL 4 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LIPI-201 | ENST00000344577 | 1652 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MYB-213 | ENST00000525369 | 2866 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PCDH15-206 | ENST00000373965 | 9237 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | NUP155-202 | ENST00000381843 | 4200 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ARHGEF6-203 | ENST00000370622 | 4779 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
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