Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP4Q13107 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP4Q13107 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP4Q13107 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP4Q13107 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP4Q13107 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
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