Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 RPS12P10-201ENST00000427031 377 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL133268.3-201ENST00000428903 577 ntTSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC016292.1-201ENST00000438344 235 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL591721.1-201ENST00000439849 751 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CALM1P1-201ENST00000442082 433 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 TPT1P14-201ENST00000448018 505 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC073264.2-201ENST00000448886 166 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC140076.1-201ENST00000449897 361 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 SNRPGP6-201ENST00000451124 220 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC01645-201ENST00000451341 491 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC012671.1-201ENST00000451912 203 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CEACAMP6-201ENST00000452007 574 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RPL23AP2-201ENST00000471227 466 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC01206-205ENST00000490001 949 ntTSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC099509.1-201ENST00000502437 652 ntTSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC114741.1-201ENST00000504357 464 ntTSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC105343.1-201ENST00000505586 358 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC073429.1-201ENST00000511749 503 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 FTH1P21-201ENST00000512179 511 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 SCARNA24.1-201ENST00000516465 137 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RNU6-410P-201ENST00000517006 107 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CENPUP1-201ENST00000526649 1202 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 DEUP1-203ENST00000527307 767 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AP000827.1-201ENST00000527814 258 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AP001781.1-201ENST00000530977 207 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC02390-201ENST00000541404 560 ntTSL 4 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 OR4T1P-201ENST00000554933 911 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC02301-203ENST00000555798 789 ntTSL 3 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC007495.2-202ENST00000564102 535 ntTSL 4 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC015908.4-201ENST00000582334 575 ntTSL 4 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 UBE2V2P2-201ENST00000587677 504 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC067852.4-201ENST00000590314 478 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 SRD5A3-AS1-204ENST00000592823 542 ntTSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL590235.2-201ENST00000602641 632 ntTSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 BNIP3P10-201ENST00000605360 577 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC007038.2-201ENST00000608095 740 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC245517.5-201ENST00000611529 162 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 Mico1.1-201ENST00000611698 204 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 uc_338.18-201ENST00000615451 175 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC002550.2-201ENST00000621246 394 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AP003122.6-201ENST00000623831 495 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CPNE8-202ENST00000360449 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ZNF534-204ENST00000433050 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CKAP2P1-201ENST00000555477 2049 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 OR56A1-203ENST00000641900 8448 ntAPPRIS P1 BASIC4.39□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CRISP3-201ENST00000263045 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 DHX40P1-201ENST00000588725 1412 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ISPD-AS1-202ENST00000438573 2252 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 PRLR-217ENST00000618457 11688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 MAP3K20-202ENST00000375213 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC02475-202ENST00000512678 2622 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ZNF345-214ENST00000612719 2938 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 USP44-208ENST00000552440 1818 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RNU5E-8P-201ENST00000363502 116 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RNA5SP22-201ENST00000365393 109 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 IGKV5-2-201ENST00000390244 408 ntAPPRIS P1 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RNU6-1158P-201ENST00000391167 107 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RRM2B-203ENST00000395912 900 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL591416.1-201ENST00000404015 867 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RNU2-62P-201ENST00000410868 191 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 OR9R1P-201ENST00000412200 877 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 HMGN1P24-201ENST00000412282 298 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC093865.1-201ENST00000415387 433 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CBLL1-202ENST00000415884 804 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL445989.1-202ENST00000418943 776 ntTSL 2 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 DPYD-AS1-201ENST00000422980 533 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL161618.1-201ENST00000438738 761 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL138799.3-201ENST00000438968 350 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AP000936.1-201ENST00000442124 483 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL136972.1-201ENST00000443471 351 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC079781.2-201ENST00000446424 169 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RPL23AP43-201ENST00000446445 471 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 NANOGP10-201ENST00000453325 895 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC005008.1-201ENST00000456151 612 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC108059.3-201ENST00000456388 214 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL390730.1-201ENST00000457106 692 ntTSL 2 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC010469.1-201ENST00000463864 576 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AL049714.1-201ENST00000466686 347 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 PLCH1-AS2-201ENST00000472913 408 ntTSL 2 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC008897.1-201ENST00000494006 347 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC138057.1-201ENST00000497258 696 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ARNTL2-AS1-201ENST00000500498 804 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 LINC01335-201ENST00000507890 389 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC017037.2-201ENST00000513850 890 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 RN7SKP234-201ENST00000517173 224 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC027801.4-201ENST00000518420 395 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AP003072.2-201ENST00000527756 676 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC006065.3-201ENST00000541769 419 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 HMGB1P6-201ENST00000569046 646 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC069061.3-201ENST00000582254 823 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 AC022960.1-201ENST00000582269 348 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 MIR4443-201ENST00000585052 53 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 SRD5A3-AS1-209ENST00000598819 552 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CEACAM7-204ENST00000602225 524 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CDKN3-212ENST00000620759 196 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 OR6C2-202ENST00000641202 2105 ntAPPRIS P1 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ZNF107-203ENST00000395391 6094 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 CHORDC1-206ENST00000529987 1698 ntTSL 3 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 USP26-201ENST00000370832 3642 ntAPPRIS P1 BASIC4.38□□□□□ -1.71
SP140Q13342 ZNF765-201ENST00000396408 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.9 ms