Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AGTR1-206ENST00000474935 1795 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC2.14□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 N4BP2L2-205ENST00000446957 2071 ntTSL 5 BASIC2.14□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 Y_RNA.226-201ENST00000364337 114 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 CUBN-201ENST00000377823 705 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 5S_rRNA.2-201ENST00000391293 112 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL359511.1-201ENST00000402970 211 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC092447.6-201ENST00000414578 210 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RPS24P8-201ENST00000431490 402 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC01309-201ENST00000444795 492 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR7L1P-201ENST00000456181 380 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR5H4P-201ENST00000510851 923 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC087373.1-201ENST00000524920 491 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 CCDC179-202ENST00000532798 791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 DNAJC8P1-201ENST00000554535 372 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AP005671.1-201ENST00000581798 463 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC034238.1-213ENST00000611148 150 ntTSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC011890.2-201ENST00000613393 294 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 INPP4B-223ENST00000630044 354 ntTSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ZNF271P-202ENST00000465539 1970 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC009487.4-201ENST00000624969 3585 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ZNF85-203ENST00000345030 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 TFPI-202ENST00000339091 1088 ntTSL 1 (best) BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 SNORD65-201ENST00000391079 73 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ANAPC10P1-201ENST00000395991 556 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ATF1P1-201ENST00000406040 927 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL358075.1-201ENST00000450004 649 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 HMGB1P15-201ENST00000453854 435 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RPL5P13-201ENST00000462840 709 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AP001960.1-201ENST00000506494 658 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 BMPR1B-AS1-201ENST00000510795 511 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC02143-201ENST00000519929 520 ntTSL 3 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC01481-201ENST00000552998 629 ntTSL 2 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC009063.1-201ENST00000563342 702 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC061975.8-201ENST00000587058 721 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 WFDC11-203ENST00000618797 561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL512643.1-201ENST00000635735 524 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 TPTE2-203ENST00000390680 1558 ntTSL 1 (best) BASIC2.13□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 FOXP2-210ENST00000403559 6415 ntTSL 2 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RNU6-1251P-201ENST00000364502 107 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL669831.5-220ENST00000412115 581 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC007064.1-201ENST00000412238 351 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 GHRL-208ENST00000439975 326 ntTSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 SSXP4-201ENST00000451349 245 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 APOA2-210ENST00000491350 263 ntTSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR5H5P-201ENST00000503164 928 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC010625.1-201ENST00000511296 403 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC02315-201ENST00000515218 696 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC104237.1-201ENST00000527443 539 ntTSL 4 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AP001001.1-202ENST00000527594 692 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC015712.3-201ENST00000559380 164 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC068408.2-201ENST00000584566 439 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 DUXAP4-201ENST00000603046 613 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 NTAN1P1-201ENST00000603150 646 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 C5orf63-207ENST00000606937 607 ntTSL 2 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC092608.2-201ENST00000624427 218 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 PABPC1P9-201ENST00000426076 1612 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR51A7-202ENST00000641490 2186 ntAPPRIS P1 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC00645-203ENST00000557399 3512 ntTSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OGN-201ENST00000262551 2971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RNU6-799P-201ENST00000363567 107 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 MDM4-202ENST00000367180 547 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 SNORA3.2-201ENST00000408221 125 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC092638.1-201ENST00000411966 1275 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC010745.4-201ENST00000420130 740 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 LINC01817-201ENST00000429317 564 ntTSL 4 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 CYP3A43-210ENST00000444905 733 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC009987.1-201ENST00000446888 806 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC012355.1-201ENST00000450290 769 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 NHS-AS1-201ENST00000452788 366 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AP000873.2-201ENST00000602381 406 ntTSL 2 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC011472.4-201ENST00000615848 491 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RMST_5.1-201ENST00000618704 126 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 Z99129.2-201ENST00000619967 314 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ATXN3L-202ENST00000622204 837 ntTSL 5 BASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 Clostridiales-1.2-201ENST00000636724 160 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC099063.3-201ENST00000642066 185 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 GCSAML-206ENST00000527084 1308 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 PCDH11Y-203ENST00000362095 4220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 FDCSP-201ENST00000317987 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL161781.1-201ENST00000354277 403 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 Y_RNA.4-201ENST00000362333 112 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 TRGV11-201ENST00000390340 463 ntAPPRIS P1 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL356057.2-201ENST00000403318 432 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL157709.1-201ENST00000412695 424 ntTSL 3 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AL590867.3-201ENST00000436953 438 ntTSL 3 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC027673.1-201ENST00000456245 405 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AP000852.1-201ENST00000472460 573 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR4G11P-201ENST00000492842 939 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 CKS1BP2-201ENST00000497342 240 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 GTF2IP9-201ENST00000502460 301 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 ENSA-210ENST00000503241 574 ntTSL 3 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 MEF2C-AS1-208ENST00000512585 741 ntTSL 5 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 SNORA31.1-201ENST00000515993 133 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 SNORA31.5-201ENST00000516190 133 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RNA5SP468-201ENST00000516782 93 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 RN7SKP82-201ENST00000516786 223 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC103681.1-202ENST00000534342 449 ntTSL 3 BASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 AC022069.1-201ENST00000582910 658 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 NRBF2P1-201ENST00000587407 859 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
CHD3Q12873 OR5H15-202ENST00000641450 1229 ntAPPRIS P1 BASIC2.11□□□□□ -2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.5 ms