Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC128707.1-201ENST00000552230 494 ntTSL 3 BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC02168-201ENST00000565327 352 ntTSL 2 BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 DSCR9-205ENST00000585273 751 ntTSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL512605.2-201ENST00000592972 256 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL355297.3-201ENST00000604082 446 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC02112-205ENST00000606744 236 ntTSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 SNORD58B-201ENST00000607313 66 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 SDR42E1P1-201ENST00000611327 477 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL161423.1-201ENST00000613700 262 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 TUG1_2.1-201ENST00000614234 87 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC01094-203ENST00000504675 1985 ntTSL 2 BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 SAGE4P-201ENST00000442271 3381 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL121839.2-201ENST00000565058 6943 ntBASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 C1orf141-202ENST00000371006 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC01478-201ENST00000587877 2068 ntTSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC02225-201ENST00000510444 4069 ntTSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.46
USP4Q13107 YPEL5-204ENST00000402003 2197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RAPGEF4-215ENST00000540783 3974 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 PLS1-211ENST00000497002 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 ZNF850-202ENST00000591344 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC00906-206ENST00000589921 3444 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 ZNF285-204ENST00000591679 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RAPGEF2-201ENST00000264431 6949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-874P-201ENST00000362390 105 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-1059P-201ENST00000363752 98 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 U3.10-201ENST00000364459 214 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MIR130A-201ENST00000385274 89 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 TRAV8-7-201ENST00000390456 341 ntAPPRIS P1 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU2-50P-201ENST00000410494 143 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-55P-201ENST00000411092 107 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL356968.1-201ENST00000416622 474 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL133173.1-201ENST00000423458 397 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 TXNIP-201ENST00000425134 1225 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL022396.1-201ENST00000427011 386 ntTSL 3 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC01870-201ENST00000427042 390 ntTSL 3 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL713851.2-201ENST00000431209 332 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL161722.2-201ENST00000434731 981 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 DYNLT3P2-201ENST00000442517 295 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC234775.1-201ENST00000454247 670 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL353752.1-201ENST00000454946 260 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL589765.1-201ENST00000457548 386 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU1-88P-201ENST00000459274 128 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC100832.1-201ENST00000471945 383 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RN7SL799P-201ENST00000475891 298 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC006539.1-201ENST00000481419 501 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC068781.1-201ENST00000488231 618 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RN7SL547P-201ENST00000490793 290 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC097103.1-201ENST00000512398 273 ntTSL 3 BASIC5.91□□□□□ -1.46
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USP4Q13107 AP006259.1-201ENST00000528520 561 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC126615.2-201ENST00000553003 515 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 HSBP1P1-201ENST00000555205 166 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC015720.2-201ENST00000567709 334 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC007631.1-201ENST00000578545 189 ntTSL 3 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MSMB-201ENST00000581478 386 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL031176.1-201ENST00000604554 466 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
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USP4Q13107 AC007998.5-201ENST00000622938 237 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
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USP4Q13107 AC004076.2-201ENST00000620532 3323 ntBASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 CD86-204ENST00000469710 1604 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 NR2C2-213ENST00000617312 8113 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 DLG1-213ENST00000443183 2516 ntTSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 NAT1-203ENST00000517492 2280 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL049830.3-201ENST00000555108 1991 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
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USP4Q13107 ADGRL3-218ENST00000514996 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 DGKB-203ENST00000403951 6917 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 USP7-202ENST00000381886 3587 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 SLC7A11-201ENST00000280612 9645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RWDD2A-201ENST00000369724 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 GABRA2-206ENST00000507460 5812 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 ZNF271P-205ENST00000639248 4573 ntTSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 DYNC2H1-201ENST00000334267 2984 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 HAT1-201ENST00000264108 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-266P-201ENST00000364225 107 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 Y_RNA.380-201ENST00000365663 111 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-214P-201ENST00000384130 107 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU4-61P-201ENST00000411243 107 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RPS23P10-201ENST00000416185 486 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RPL30P3-201ENST00000424262 333 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 CFL1P1-202ENST00000432948 411 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 FOCAD-AS1-201ENST00000439876 359 ntTSL 2 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AL163193.1-201ENST00000444895 788 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 OSTCP8-201ENST00000445117 448 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RN7SL583P-201ENST00000475692 287 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC026979.1-201ENST00000492525 396 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC093725.2-201ENST00000507808 356 ntTSL 2 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 BX510359.5-201ENST00000515651 304 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 Y_RNA.689-201ENST00000516589 107 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNA5SP34-201ENST00000516887 130 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 PKIA-203ENST00000518467 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC079098.1-202ENST00000523150 573 ntTSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC025423.5-201ENST00000550230 219 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
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