Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RAD51AP1-202ENST00000352618 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 C1orf140-202ENST00000439004 4340 ntTSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL137141.1-201ENST00000624622 4836 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF143-201ENST00000299606 2562 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SMG1P7-201ENST00000565246 2704 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RYR2-201ENST00000360064 14850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RFC1-202ENST00000381897 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 OR5AS1-202ENST00000641320 7860 ntAPPRIS P1 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CCR2-201ENST00000292301 2671 ntTSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 HEPHL1-201ENST00000315765 5345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL591135.1-201ENST00000401578 5914 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PATE4-201ENST00000457514 1983 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ARHGEF12-213ENST00000532993 8753 ntTSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 WDPCP-202ENST00000398544 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.307-201ENST00000365022 117 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CD84-204ENST00000368048 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DEFB109C-201ENST00000382575 264 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DEFB109B-201ENST00000382656 264 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.428-201ENST00000384078 102 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL662874.1-201ENST00000426065 230 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DPH5-204ENST00000427040 609 ntTSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL590399.2-201ENST00000427536 309 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL360081.1-201ENST00000428299 555 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPL21P112-201ENST00000434403 463 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 HIGD1AP11-201ENST00000438361 280 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC02038-201ENST00000439074 702 ntTSL 4 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 EEF1B2P6-201ENST00000445713 673 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SPRR2F-201ENST00000468739 681 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPL38P3-201ENST00000484463 213 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC104564.1-201ENST00000493028 407 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC104136.1-201ENST00000512969 394 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SNORA14.1-201ENST00000516113 141 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SNORD116.3-201ENST00000517176 78 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR4489-201ENST00000578869 62 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR4505-201ENST00000582238 73 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AP001120.2-201ENST00000589395 296 ntTSL 3 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC090621.1-201ENST00000592121 419 ntTSL 3 BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC006363.1-201ENST00000603806 463 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 FO393422.1-201ENST00000603908 708 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC009570.1-201ENST00000609599 745 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CU639417.4-201ENST00000623928 207 ntBASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SV2B-201ENST00000330276 11202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ERBIN-208ENST00000506030 4386 ntTSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MMP12-201ENST00000571244 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TNFSF18-201ENST00000404377 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.44
USP4Q13107 POSTN-204ENST00000379749 3210 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ADAM29-203ENST00000445694 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ALB-209ENST00000503124 1741 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SLC26A7-210ENST00000617233 5257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 HSPA13-201ENST00000285667 3986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AGBL4-201ENST00000334103 881 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.257-201ENST00000364596 102 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU11-4P-201ENST00000391149 133 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC004990.1-201ENST00000431722 564 ntTSL 4 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 HMGB3P24-201ENST00000433260 622 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPS24P13-201ENST00000442520 397 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PPIAP3-201ENST00000450588 505 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AP006216.2-201ENST00000457746 333 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RN7SL72P-201ENST00000460697 269 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC021146.3-201ENST00000511911 260 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-120P-201ENST00000516077 103 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-1069P-201ENST00000516612 133 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SNORA43.3-201ENST00000517240 103 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 FTH1P11-201ENST00000517577 551 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC090809.1-201ENST00000524132 570 ntTSL 4 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AP001085.1-201ENST00000524441 639 ntTSL 2 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF84-212ENST00000542874 540 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MIR4260-201ENST00000583107 67 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL138889.2-201ENST00000603883 242 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Z98949.1-207ENST00000609157 814 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC062037.2-201ENST00000610137 73 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL161637.1-201ENST00000622380 412 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL691477.1-201ENST00000624398 162 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PDE4D-229ENST00000638939 375 ntTSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TRPC5OS-201ENST00000371970 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC245407.1-201ENST00000621489 2538 ntTSL 2 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC020656.2-201ENST00000613291 5309 ntBASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ARHGAP28-205ENST00000531294 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.03□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MRE11-203ENST00000393241 2604 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 STAU2-220ENST00000522695 2646 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 DMTF1-204ENST00000413276 3548 ntTSL 5 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 KMT2D-201ENST00000301067 19419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SPINK7-201ENST00000274565 557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SNORA16.2-201ENST00000390991 127 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6-1109P-201ENST00000391187 107 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AL109755.1-201ENST00000401791 649 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 EEF1A1P29-201ENST00000416082 1096 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 FAR2P4-202ENST00000425399 584 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC01817-201ENST00000429317 564 ntTSL 4 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AL391097.2-201ENST00000435057 485 ntTSL 3 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 FRG2FP-204ENST00000453982 852 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RPS27AP1-201ENST00000475545 471 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RN7SL629P-201ENST00000489622 285 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC009120.1-201ENST00000493458 473 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC116655.1-201ENST00000508324 901 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC098829.1-202ENST00000513384 537 ntTSL 3 BASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RFPL4AP5-201ENST00000514977 504 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 HMGN1P28-201ENST00000521340 364 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AP001922.4-201ENST00000526967 290 ntBASIC6.02□□□□□ -1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.9 ms