Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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USP53Q70EK8 LRRC49-222ENST00000560158 1898 ntTSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP53Q70EK8 GABRA1-220ENST00000638159 4088 ntTSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP53Q70EK8 PIK3C3-201ENST00000262039 9443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP53Q70EK8 STARD9-201ENST00000290607 15567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP53Q70EK8 AL158835.1-203ENST00000415305 3149 ntTSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
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