Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RPL23AP88-201ENST00000605759 454 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 RNA5SP108-201ENST00000605921 117 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC019080.3-201ENST00000606180 444 ntTSL 5 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 ZMYM2-203ENST00000382874 10139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 LRRC49-224ENST00000560691 2531 ntTSL 2 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 SNORA67.4-201ENST00000384688 142 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 RNA5SP508-201ENST00000411327 119 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 LIMS1-AS1-201ENST00000411710 477 ntTSL 3 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AL645937.1-202ENST00000421799 937 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AL353148.1-204ENST00000426752 477 ntTSL 5 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AL731684.2-201ENST00000426839 333 ntTSL 5 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AL160411.1-201ENST00000429853 400 ntTSL 2 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 HSPE1P6-201ENST00000479457 291 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC079340.1-201ENST00000504799 552 ntTSL 4 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC093534.2-201ENST00000511418 420 ntTSL 3 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 SCGB1D5P-201ENST00000515134 247 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 RNU4-29P-201ENST00000515943 174 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 HMGB1P41-201ENST00000520234 440 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC239860.2-201ENST00000525886 270 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 MIR4474-201ENST00000579189 78 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC083760.1-201ENST00000589621 670 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 AC012213.4-201ENST00000606457 354 ntBASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 MEG8-222ENST00000637332 1237 ntTSL 5 BASIC2.41□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 PIK3C2G-202ENST00000433979 4840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.4□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 OLFM3-206ENST00000536598 2801 ntTSL 5 BASIC2.4□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 FAM184A-202ENST00000352896 3700 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.4□□□□□ -2.02
CHD3Q12873 CEP290-202ENST00000397838 2421 ntTSL 5 BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 PIK3C2G-201ENST00000266497 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNU6-673P-201ENST00000365084 104 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 SPANXN4-201ENST00000370504 560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 SNORA70E-201ENST00000384492 135 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 MIR34A-201ENST00000385130 110 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 SUMO1-205ENST00000409205 534 ntTSL 2 BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 HMGN2P35-201ENST00000412164 270 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL513477.1-202ENST00000417061 214 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC093084.1-201ENST00000424233 687 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 ELOCP6-201ENST00000429066 328 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 MRPS33P4-201ENST00000434892 317 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 MIR99AHG-205ENST00000435697 716 ntTSL 2 BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RPL21P2-201ENST00000440049 481 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL513328.1-201ENST00000446460 224 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 ELOCP12-201ENST00000458706 328 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 KLHL2P1-201ENST00000508691 521 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RN7SKP283-201ENST00000517197 270 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 TMEM68-214ENST00000523073 536 ntTSL 3 BASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 DEFB122-202ENST00000569013 197 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC069234.5-201ENST00000611056 416 ntBASIC2.4□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 DEUP1-201ENST00000298050 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AGTR1-204ENST00000418473 2071 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNU6-233P-201ENST00000410845 141 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC073174.1-201ENST00000444155 415 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 HNRNPDLP3-201ENST00000456745 380 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AP001025.2-201ENST00000490908 477 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
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CHD3Q12873 AC010627.1-201ENST00000503819 1294 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC005150.1-201ENST00000512831 628 ntTSL 2 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNU6-826P-201ENST00000516827 104 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RN7SKP272-201ENST00000516988 232 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 SKP1-208ENST00000521216 899 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AP001205.1-201ENST00000521625 449 ntTSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC009803.2-201ENST00000550378 665 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC234775.3-201ENST00000564612 656 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC008894.1-201ENST00000587693 367 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL157938.2-209ENST00000589128 792 ntTSL 2 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL161912.3-201ENST00000605404 628 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 FAM214A-201ENST00000261844 4217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 TTC6-201ENST00000267368 1681 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 TEX9-207ENST00000560582 2005 ntTSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 BIRC3-206ENST00000532808 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 NUP35-203ENST00000409798 1470 ntTSL 2 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNA5SP289-201ENST00000362332 137 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNU6-1331P-201ENST00000363658 106 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 CFHR2-201ENST00000367415 1059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 EQTN-201ENST00000380031 725 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNA5SP425-201ENST00000410336 112 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC006150.1-201ENST00000412014 263 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 ATG3P1-201ENST00000419507 911 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL441989.1-201ENST00000454204 382 ntTSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 CFHR2-203ENST00000476712 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 MTATP6P22-201ENST00000507369 598 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC008837.1-201ENST00000511513 412 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 SUB1-211ENST00000512913 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 TRAV1-1-201ENST00000542354 392 ntAPPRIS P1 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AL133370.1-201ENST00000554679 537 ntTSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC078909.1-201ENST00000559509 464 ntTSL 2 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC027176.1-201ENST00000560204 514 ntBASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC097376.2-202ENST00000608345 433 ntTSL 3 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC244472.1-201ENST00000620773 347 ntAPPRIS P1 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC009303.2-205ENST00000627670 1091 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 THOC2-201ENST00000245838 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 GABRG2-208ENST00000638552 3710 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 FMN2-207ENST00000545751 1913 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 CACNB4-222ENST00000636350 7654 ntTSL 5 BASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 APC-201ENST00000257430 10701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 LINC00305-201ENST00000323355 873 ntTSL 1 (best) BASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RNU4-7P-201ENST00000364758 141 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 DEFB125-201ENST00000382410 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 ZNF788-202ENST00000397759 777 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 RN7SKP223-201ENST00000410582 62 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
CHD3Q12873 AC105402.1-201ENST00000413336 545 ntBASIC2.38□□□□□ -2.03
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