Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC112Q8NEF3 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms