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| FHL3 | Q13643 | ZNF181-203 | ENST00000459757 | 2265 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | RAB30-212 | ENST00000533486 | 9929 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | ZEB1-202 | ENST00000361642 | 5990 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
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| FHL3 | Q13643 | AC245517.5-201 | ENST00000611529 | 162 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | MIR6133-201 | ENST00000617057 | 108 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | AL359880.1-201 | ENST00000621879 | 266 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | IRF5P1-201 | ENST00000504852 | 2164 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | ARPP19-208 | ENST00000566423 | 5362 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | FILIP1-203 | ENST00000393004 | 7807 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | FAR2-203 | ENST00000547116 | 1787 nt | TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | RPGRIP1L-212 | ENST00000621565 | 6038 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | ZNF418-205 | ENST00000595830 | 3543 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | PCDH11X-202 | ENST00000361655 | 4126 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | MAP2-205 | ENST00000392194 | 5303 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | PEX5L-202 | ENST00000392649 | 8540 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | DAZ4-205 | ENST00000440066 | 1891 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | DAZ1-206 | ENST00000620725 | 1891 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | AC007750.1-202 | ENST00000418968 | 4098 nt | TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | OR4E1-202 | ENST00000641792 | 3742 nt | APPRIS P5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | CASC19-201 | ENST00000500112 | 5735 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | CHORDC1-206 | ENST00000529987 | 1698 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | AL365440.1-201 | ENST00000436135 | 2167 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | AP001605.1-201 | ENST00000420186 | 2603 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | PCDH15-207 | ENST00000395430 | 7002 nt | TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | AC105074.1-201 | ENST00000623380 | 3095 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | ETV1-208 | ENST00000420159 | 6231 nt | TSL 2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | CLEC7A-202 | ENST00000304084 | 1130 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | TNP2-201 | ENST00000312693 | 626 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | OR6C70-201 | ENST00000327335 | 939 nt | APPRIS P1 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | LRRC69-201 | ENST00000343709 | 720 nt | TSL 2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | Y_RNA.1-201 | ENST00000352915 | 104 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | PKIB-202 | ENST00000354275 | 1043 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | NAMPT-202 | ENST00000354289 | 1213 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | RNU5E-1-201 | ENST00000362477 | 120 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | RNU6-181P-201 | ENST00000363225 | 107 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| FHL3 | Q13643 | RNA5SP90-201 | ENST00000364801 | 99 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |