Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MIR7153-201ENST00000637758 57 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 BCLAF1-202ENST00000392348 2610 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 MRPL42-206ENST00000549982 15582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 GTF2H1-204ENST00000524753 1510 ntTSL 3 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 KIAA1841-211ENST00000612149 4202 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CNGB3-201ENST00000320005 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PRKACB-201ENST00000370680 1914 ntTSL 1 (best) BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 UBA52P6-201ENST00000399822 382 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SKP284-201ENST00000411002 343 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC090952.1-201ENST00000424242 446 ntTSL 3 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 USP9YP36-201ENST00000424581 829 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 USP9YP31-201ENST00000431405 881 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL512625.3-204ENST00000438699 1031 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC079354.3-201ENST00000447111 311 ntTSL 2 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC099563.1-201ENST00000456086 418 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC037198.2-201ENST00000478845 733 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC138057.1-201ENST00000497258 696 ntTSL 3 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC023141.12-201ENST00000512399 199 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RNU6-579P-201ENST00000516879 102 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 GLYCAM1-202ENST00000546607 553 ntTSL 1 (best) BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CYP2C60P-201ENST00000566088 139 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL157938.2-208ENST00000590461 877 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PPP3CB-AS1-206ENST00000595935 675 ntTSL 5 BASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC010591.1-201ENST00000603941 649 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL359757.2-201ENST00000624309 274 ntBASIC3□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CLHC1-201ENST00000401408 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 APAF1-208ENST00000549007 3492 ntTSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CLOCK-201ENST00000309964 10304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC007496.3-201ENST00000624987 3443 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PHF6-201ENST00000332070 4759 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 C1orf189-201ENST00000368525 387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC093719.1-202ENST00000392735 373 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 MTND4P22-201ENST00000413116 1169 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RPL30P2-201ENST00000414021 291 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 GRM7-AS1-201ENST00000420230 430 ntTSL 3 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL049610.1-201ENST00000423374 372 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RNF19BPX-201ENST00000426224 625 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RPS15AP29-201ENST00000445539 400 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 SNORD105B-201ENST00000458770 79 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC078785.3-201ENST00000476607 425 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SL429P-201ENST00000479090 223 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SL489P-201ENST00000486185 223 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SL327P-201ENST00000488659 223 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AGGF1P3-201ENST00000493675 1213 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 SLC7A11-AS1-201ENST00000510066 817 ntTSL 2 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RNU4ATAC17P-201ENST00000517272 120 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC021733.2-201ENST00000518830 497 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC025272.1-201ENST00000569661 483 ntTSL 2 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 MIR4672-201ENST00000583126 81 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC067852.3-201ENST00000589177 561 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AD001527.1-201ENST00000604228 379 ntTSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SL853P-201ENST00000617250 223 ntBASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC244517.5-202ENST00000623741 500 ntTSL 3 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CHRM3-AS2-209ENST00000628573 766 ntTSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 STAU2-207ENST00000519961 3928 ntTSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ZNF733P-201ENST00000331425 1506 ntTSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 MBD5-212ENST00000627651 5610 ntTSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 DCUN1D1-201ENST00000292782 7954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 KCNJ16-203ENST00000392671 3981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PPIP5K2-217ENST00000627916 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 TUG1-201ENST00000519077 5673 ntTSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 TBC1D31-214ENST00000522420 3167 ntTSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CCDC30-212ENST00000507855 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 GPR18-203ENST00000397473 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ORC3-201ENST00000257789 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ORC3-202ENST00000392844 2512 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.99□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 KIAA1841-202ENST00000356719 2149 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AP002088.1-201ENST00000382740 395 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RNU6-301P-201ENST00000384277 107 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 UBE2V1P2-201ENST00000397758 440 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL138749.1-201ENST00000397864 791 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 NPM1P48-201ENST00000436002 853 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 SNRPFP2-201ENST00000440710 251 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC074327.1-201ENST00000448017 540 ntTSL 2 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RSL24D1P3-201ENST00000449255 495 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC021146.5-201ENST00000503544 545 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC016550.2-202ENST00000511940 581 ntTSL 2 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC010265.1-201ENST00000513509 211 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 IL18-204ENST00000528832 795 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL121766.1-201ENST00000547436 487 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PCED1B-AS1-208ENST00000551898 359 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL355922.5-201ENST00000553534 351 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC093227.3-202ENST00000586606 704 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CKS1BP3-201ENST00000600888 237 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC244472.2-201ENST00000617639 406 ntAPPRIS P1 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 U6.98-201ENST00000637157 84 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 IBTK-209ENST00000510291 4109 ntTSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ZNF826P-207ENST00000622273 1910 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 LINC00862-204ENST00000637098 1400 ntTSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ANKRD36P1-201ENST00000344424 659 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CD84-204ENST00000368048 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 CD84-205ENST00000368051 965 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 RN7SKP285-201ENST00000410137 318 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 ZDHHC20P2-201ENST00000424108 429 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC017074.1-201ENST00000424612 561 ntTSL 3 BASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC091862.1-201ENST00000438016 1100 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AL035404.1-201ENST00000497982 568 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 PCBP2P3-201ENST00000509726 843 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 SNORD116-26-201ENST00000516006 96 ntBASIC2.98□□□□□ -1.93
CHD3Q12873 AC117834.1-202ENST00000521203 561 ntTSL 4 BASIC2.98□□□□□ -1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.2 ms