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| CHD4 | Q14839 | AC139713.2-210 | ENST00000641741 | 992 nt | BASIC | 4.36 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | IL23R-205 | ENST00000637002 | 2208 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.36 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | OR11H4-202 | ENST00000641082 | 1585 nt | APPRIS P1 BASIC | 4.36 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL132656.2-201 | ENST00000482985 | 1837 nt | TSL 5 BASIC | 4.36 | □□□□□ -1.71 | | |
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| CHD4 | Q14839 | CACNB4-257 | ENST00000637547 | 7658 nt | TSL 5 BASIC | 4.36 | □□□□□ -1.71 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC007656.2-201 | ENST00000624902 | 4547 nt | BASIC | 4.35 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | SYT14-208 | ENST00000637265 | 13567 nt | TSL 5 BASIC | 4.35 | □□□□□ -1.71 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC108734.1-201 | ENST00000439549 | 399 nt | BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC239809.1-201 | ENST00000450470 | 217 nt | BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | PDC-202 | ENST00000497198 | 1174 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AP006287.2-201 | ENST00000529036 | 502 nt | TSL 2 BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC103808.1-201 | ENST00000579833 | 922 nt | TSL 3 BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL390838.2-201 | ENST00000602394 | 274 nt | BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL163642.2-201 | ENST00000604722 | 1019 nt | BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.71 | | |
| CHD4 | Q14839 | PRG4-202 | ENST00000367483 | 4921 nt | TSL 5 BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | APAF1-208 | ENST00000549007 | 3492 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | C12orf45-204 | ENST00000552951 | 23529 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.34 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | DCDC1-211 | ENST00000597505 | 5352 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | ETV1-202 | ENST00000399357 | 6096 nt | TSL 2 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | TTC41P-203 | ENST00000548527 | 1475 nt | TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC021755.1-201 | ENST00000559747 | 1447 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | NAP1L1P2-201 | ENST00000414182 | 1089 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL590623.1-201 | ENST00000427864 | 105 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | CYP3A43-210 | ENST00000444905 | 733 nt | TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | LINC01192-206 | ENST00000489012 | 818 nt | TSL 5 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | OR2L3-203 | ENST00000641649 | 2846 nt | APPRIS P1 BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | PRLR-217 | ENST00000618457 | 11688 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | RAD17-206 | ENST00000358030 | 2648 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL445213.1-201 | ENST00000412589 | 747 nt | BASIC | 4.33 | □□□□□ -1.72 | | |