Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC9Q9Y3X0 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.3 ms