Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 HMGB1P26-201ENST00000452520 628 ntBASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 FO393415.3-201ENST00000456424 375 ntTSL 3 BASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 AC091153.1-201ENST00000466297 402 ntBASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 AC007537.2-201ENST00000472093 511 ntBASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 EPPIN-WFDC6-201ENST00000504988 1156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 SLC38A2-214ENST00000612232 1221 ntTSL 1 (best) BASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 AC016911.1-201ENST00000613297 452 ntBASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 GMNC-201ENST00000442080 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 AC096656.1-201ENST00000623826 1364 ntBASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 UGT2B10-202ENST00000458688 1424 ntTSL 2 BASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 LINC01733-201ENST00000449316 4604 ntTSL 1 (best) BASIC4.1□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 PHEX-201ENST00000379374 6172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.1□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 MTND4P26-201ENST00000415971 1359 ntBASIC4.09□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 AC017002.4-201ENST00000604721 1525 ntBASIC4.09□□□□□ -1.75
CLDN9O95484 STK33-208ENST00000447869 3103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.75
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CLDN9O95484 SENP7-202ENST00000348610 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 RABGAP1L-202ENST00000325589 1880 ntTSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 TMEM30A-202ENST00000370050 3775 ntTSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 ZMYND11-217ENST00000627286 3914 ntTSL 5 BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 MLH1-212ENST00000455445 2296 ntTSL 2 BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 LRRC63-203ENST00000595396 2327 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 MTX3-203ENST00000512560 4799 ntTSL 2 BASIC4.09□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 MYOZ2-201ENST00000307128 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.08□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 ZC3H11A-214ENST00000639812 11825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.08□□□□□ -1.76
CLDN9O95484 BTAF1-204ENST00000544642 6938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.08□□□□□ -1.76
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