Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
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TCOF1Q13428 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
TCOF1Q13428 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCOF1Q13428 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
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