Protein–RNA interactions for Protein: P59708

Sf3b6, Splicing factor 3B subunit 6, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b6P59708 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Sf3b6P59708 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Sf3b6P59708 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Sf3b6P59708 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b6P59708 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b6P59708 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.5 ms